Se sabe que Pedro de Valdivia era hijo de Isabel Gutiérrez de Valdivia y se cree que su padre habría sido Pedro Oncas de Melo, de origen portugués. Valdivia tomó su nombre por línea materna. Valdivia era un linaje antiguo y noble, muy ligado a la guerra. Muchos miembros de esta familia participaron de la conquista de Granada destacándose militarmente por lo cual entre ellos hubo quienes obtuvieron distinciones tales como integrar la Orden de Calatrava, cargos en el ejército y en el gobierno regional y en la corte. Cuando nace Pedro de Valdivia hacia el año 1500 su rama materna contaba con hidalgos militares y alcaldes en la región de Extremadura.