Aunque Valdivia logró sortear múltiples conspiraciones en su contra, no pudo evitar que la Real Audiencia lo procesara debido a acusaciones que recibió de sus compañeros. Las imputaciones que se levantaron anónimamente contra él pueden resumirse en cinco temas: desobediencia a la autoridad real, tiranía con sus subalternos, codicia insaciable, irreligiosidad y la práctica pública de costumbres inmorales (por su relación con Inés de Suárez).

Valdivia logró que el virrey La Gasca, al que había ayudado a sofocar la rebelión de Gonzalo Pizarro en 1567, lo absolviera gracias a una hábil defensa que preparó en sólo tres días y a las declaraciones de algunos testigos en su defensa.

Presentamos a continuación la transcripción que el erudito Diego Barros Arana hizo de algunos de los documentos del juicio, así como también un fragmento de la declaración de Vicencio Montes transcrito por Barros Arana en España.