El Instituto de Higiene fue creado en 1892 debido a la influencia ejercida por el higienismo a finales del siglo XIX y comienzos del XX. La construcción albergó los estudios de las condiciones de higiene pública en la ciudad de Santiago, al igual que los equipos técnicos y el personal destinado a la desinfección de conventillos y ranchos, institución conocida como Desinfectorio Público. El arquitecto del edificio fue Emilio Jecquier, responsable también de la Estación Mapocho inaugurada en 1912 en la ribera sur del río, precisamente frente al Instituto.