Uno de los ámbitos desarrollados por Eugenio Pereira en el transcurso de sus investigaciones fue la historia de las Bellas Artes en Chile. En su obra Historia del arte en el reino de Chile reconstruyó el inicio y las primeras etapas del desenvolvimiento de la disciplina artística en Chile, labor que complementó con numerosos artículos sobre la historia del arte durante el siglo XIX, que fueron reunidos y publicados de manera póstuma en el libro Estudios sobre la historia del arte en Chile Republicano (1992).