Pionero en el tema, Eugenio Pereira escribió las primeras obras sobre la historia de la música en Chile, para las cuales debió realizar una difícil y trabajosa investigación en archivos y bibliotecas. Fruto de esas labores fueron sus obras Los orígenes del arte musical en Chile (1941), texto en el cual se refirió a la música chilena durante el período colonial e inicios del siglo XIX, e Historia de la música en Chile: (1850-1900) (1957), en donde extendió su investigación a la segunda mitad del siglo XIX.

Además de esas dos obras, escribió decenas de artículos relativos a la historia de la música en Chile, los cuales, en su gran mayoría, se encuentran publicados en la Revista Musical Chilena. En 1978 redactó Biobibliografía musical de Chile, texto que abarca desde el período colonial hasta 1886.