Además de publicaciones de índole política y sobre análisis de Latinoamérica, Manuel Eduardo Hübner escribió una única novela: Los enemigos.

Los enemigos presenta la vida de un soldado chileno que parte a Francia, quizás por complacer a su padre o a su abuelo, para combatir en la guerra. Una vez que llega a este país, comprende que ya nada puede hacer, que ya su vida no le pertenece. Mientras dura la guerra, el soldado siente una enorme nostalgia de Chile, su verdadera patria que "estaba allá, tan lejos, con su cielo azul, sus pájaros, su sol, su cordillera..." (Manuel Eduardo Hübner. Los enemigos. Santiago: Narraciones Zig-Zag, 1933. p. 30).

Por esta novela, Hübner ganó un concurso literario de la revista Ercilla.