Como sacerdote de la Compañía de Jesús, Walter Hanisch orientó sus investigaciones preferentemente a la historia de dicha orden religiosa.

Tras años de investigación en archivos españoles e italianos, publicó en 1972 Itinerario y pensamiento de los jesuitas expulsos de Chile: 1767-1815, obra en la cual realizó un seguimiento de los sacerdotes expulsados de Chile en 1767, y su destino en Europa.

Sus investigaciones sobre la Compañía de Jesús se concretaron también en otras obras de carácter monográfico dedicadas a los principales sabios jesuitas del período colonial, así como también en su investigación Historia de la Compañía de Jesús en Chile (1593-1955), publicada en 1974.