Aunque no era un especialista en la historia de Chiloé, Hanisch dedicó parte de su labor historiográfica a dicho archipiélago.

En su libro La isla de Chiloé, capitana de rutas australes (1982) realizó una acuciosa revisión de los viajes que habían realizado los misioneros de la orden jesuita y luego franciscana, hacia distintos puntos del territorio austral durante los siglos XVII y XVIII. Entre dichas expediciones se encontraban las que buscaban encontrar la mítica Ciudad de los Césares, fuente de inagotables leyendas.