Después de un período de serias vicisitudes, la Universidad comenzó una nueva etapa con el rectorado de Juvenal Hernández, iniciado en 1931. Éste implementó una modernización de la docencia y un fomento a la investigación, que se hallaban notoriamente postergadas. Estas tareas fueron continuadas por su sucesor, Juan Gómez Millas, quien también se abocó a la descentralización administrativa, expandiendo la institución a provincias y vinculándola a organismos internacionales.