Después del golpe de Estado de 1973, la situación cambió radicalmente, puesto que las nuevas autoridades reorganizaron todas las Universidades y, en relación al Teatro de Antofagasta, suprimieron el aporte económico a estas actividades y las desvincularon del quehacer universitario. Mario Cánepa, destacado estudioso del teatro chileno, señala: "A fines de 1973, el clima imperante de soplonajes e investigaciones sumarias se constituían en un proceso tanto molesto como doloroso para seres de un nivel universitario. En enero de 1974, comenta Teresa Ramos "nos sorprendería a todos con una notificación recibida por el maestro Pedro de la Barra. En ella se le comunicaba que tenía tres días de plazo para contestar lo que se le imputaba, según oficio Nº 87 del 30 de enero de 1974, firmado por la Fiscal María Angélica Figueroa Quinteros (...) Uso político del cargo de Director Artístico del Teatro de la Universidad de Chile, Sede Antofagasta, fundado en el cargo en la responsabilidad que le cupo como Director en el uso político de este medio de difusión universitario a través de las obras de teatro puestas en escena durante los años 1971, 1972 y 1973 ...". Después de estas notificaciones, Pedro de la Barra fue conminado a renunciar a su cargo. El nuevo director del Teatro fue Boris Stoicheff, que en 1974, estrenó Yerma, de Federico García Lorca, y En aquellos años veinte, adaptación de La señorita charleston, de Armando Moock.

A medida que avanzaba la década, el elenco perdía actores, que en un número importante partían al exilio debido a las condiciones políticas del país. En 1977, falleció Pedro de la Barra en el exilio, lo que significó un duro golpe a la mermada compañía de teatro antofagastina.