Las congregaciones religiosas instauraron la celebración a los santos patronos a través de diversas actividades. Por ejemplo, la Congregación de la Purísima Concepción, fundada por los jesuitas en 1595, efectuaba durante la fiesta la Inmaculada Concepción un acto en el que se declamaban discursos en latín y poesías latinas y castellanas en honor de María, además de presentar algún diálogo teatralizado. La Congregación del Niño Jesús, creada en 1600 para la población indígena, organizaba fiestas y vistosas procesiones, en las que se les permitía interpretar sus propios cantos y danzas. Asimismo, la Congregación de Morenos, que reunía a los esclavos negros, efectuaba su procesión el 6 de enero, con ocasión de la Pascua de Reyes o de Negros. Para la ocasión, de gran solemnidad, se les permitía realizar comparsas y danzas y levantar sus altares en la plaza. El Padre Alonso de Ovalle (1601-1651) se distinguió como director de esta congregación y fue ayudado por el Hno. Francisco Rondón, a quien se debieron los pasos de la vida de Cristo que sacaban en sus procesiones del Día de Reyes y en la Semana Santa, inspiradas en las de Sevilla (Ovalle, Alonso de. Historica relacion del reyno de Chile, y de las misiones y ministerios que ejercita en él la Compañia de Jesús...)

Estas dos últimas congregaciones fueron suprimidas en 1686, como castigo por rehusarse a abandonar la práctica de danzas y "comilonas" que, según los clérigos, habían llevado a excesos deplorables. Como se negaron a disolverse, fueron agregados, por disposición del gobierno diocesano, a las similares de San Francisco y Santo Domingo, para que el traslado les sirviera de escarmiento. La supresión consta en el Sínodo de Santiago de 1668 "por razones que se han presentado y porque la ciudad a causa de su pobreza no soporta tantas Cofradías".