La Historia general del reino de Chile. Flandes Indiano, estuvo más de cincuenta años en el archivo de un rico bibliófilo español llamado Vicente Salvá, quien hacia 1835 incluso envió una carta a Andrés Bello para que hiciera gestiones tendientes a que el "gobierno recobre un manuscrito que en ninguna parte debe existir más que en esa Biblioteca Nacional". Vicuña Mackenna señala que había tocado absolutamente en vano muchas puertas como las del Congreso Nacional, el Gobierno y la Universidad de Chile, para adquirir el precioso manuscrito y publicarlo, pues, a su juicio, era una obra que merecía ser llamada monumento nacional. Por esto no escatimó esfuerzos y, en sus palabras, señaló "no hemos vacilado en afrontar los ingentes gastos y sacrificios de todo género que exige la publicación de una obra tan extensa, laboriosa y delicada". En 1870 se puso en comunicación con el bibliófilo Salvá, hijo, quien se encontraba "ya muy anciano, achacoso y tan adicto a sus mamotretos, que sólo de mal humor y con epístolas desabridas se prestó al fin a enajenarlo, resistencia que tal vez era en él secreto presentimiento, pues apenas lo hubo vendido se murió". Después Vicuña Mackenna sacó el manuscrito de París, "por libertarlo del asedio de los alemanes, cuando venían estos marchando desde Sedan, y le guardé, primero en Lyon y después en Burdeos, encerrado en una caja de fierro y pagando un fuerte seguro contra los peligros de fuego y guerra". Finalmente, luego de años de espera y abocado a otros afanes, Vicuña Mackenna logró la publicación del manuscrito en el transcurso de 1877 y 1878.