El Decreto Amunátegui, además de permitir el ingreso de las mujeres a la universidad, estableció la construcción de liceos fiscales. Este decretó se promulgó en 1877, pero recién en 1891, en Valparaíso, se fundó el primer liceo estatal, el Instituto Carlos Waddington. En 1893, se generó el impulso necesario para dar continuidad a la obra de levantar liceos fiscales femeninos. Ese año, Juana Gremler, maestra de origen alemán, que había oficiado de visitadora de colegios particulares subvencionados por el Estado, fue comisionada por el gobierno para estudiar en Alemania el sistema de educación secundaria para señoritas. Su informe fue la base del el primer liceo de la capital, el Liceo de Niñas N° 1 Javiera Carrera, creado en 1894. Empero, en contradicción con el Decreto Amunátegui, el Consejo que definió el propósito de la instrucción secundaria de mujeres, afirmó que el objetivo de los liceos era "formar buenas madres de familia, no a preparar para seguir una carrera o profesión" (citado por M.E. Ojeda, La fundación de los primeros liceos femeninos en Chile (1891-1912), p. 12). En efecto, el plan de estudios que se aplicó en el Liceo N° 1, y luego el Reglamento para los Liceos de Niñas publicado en 1900, apuntaron a una educación femenina para actuar en el espacio doméstico. Un paso importante para que esto cambiara ocurrió en 1905, con el proyecto de Teresa Prats de Sarratea, que proporcionaba a las estudiantes mejor preparación para rendir los exámenes que requerían para ingresar a la universidad. Paulatinamente, ésta y otras propuestas discutidas a lo largo del primer decenio del siglo XX, lograron que en 1912, se decretara la igualación de los planes de estudio entre ambos sexos. En 1919, ya todos los liceos fiscales cumplían esta determinación.

El proceso de fundación de liceos fiscales se aceleró al comenzar el siglo XX, propiciado por los gobiernos liberales. El gobierno de Germán Riesco (1901-1906) fue especialmente fructífero en la expansión de liceos femeninos, sobre todo en provincias. Fuera de la capital, era usual que el Estado irguiera sus liceos en locales que heredaban de privados. En los cinco años del mandato de Riesco, se fundaron en total 21 liceos fiscales de mujeres, de los cuales 19 se situaban en provincia. Después de 1910, se detuvo el crecimiento de estas escuelas, en cambio, se incrementaron las alumnas matriculadas. Según Amanda Labarca, hacia 1920 se observaba la democratización de la educación secundaria femenina, puesto que los liceos fiscales habían ampliado el componente social del estudiantado, en sus inicios restringido al sector acomodado de la sociedad.