La postura política de Gonzalo Vial, junto a sus juicios en torno a la historia reciente de Chile, rodearon su vida de variadas polémicas en las que se vio enfrentado y enjuiciado por diversos e importantes historiadores chilenos. Una de de ellas se inició el 16 de octubre de 1998, luego de que el ex dictador Augusto Pinochet Ugarte, fuese detenido en Londres por efectivos de la Scotland Yard a raíz de una orden de detención provisional que lo acusaba por delitos de genocidio y terrorismo. A partir de este incidente Pinochet escribió un documento público al cual llamó Carta a los chilenos, en el cual insistió en su inocencia en relación a los acontecimientos acaecidos luego del 11 de septiembre de 1973. Tanto el arresto como la carta, causaron diversas reacciones en la opinión pública internacional, reabriéndose el debate histórico. Fue así como el diario La Segunda, comenzó a publicar una serie de distintos fascículos históricos con respecto al período, escritos por Gonzalo Vial.

Las visiones expresadas por Vial en la serie, dieron nacimiento al Manifiesto de Historiadores, firmado por varios centenares de historiadores a través del mundo. En este documento se respondió críticamente a la justificación que Gonzalo Vial hizo del Golpe de Estado, así como a la defensa de la figura de Pinochet. Este episodio dio inicio a una fructífera discusión en torno a la historia de Chile, sus versiones oficiales y los derechos humanos.