La Oficina Hidrográfica de la Marina Nacional se fundó en 1874, a cargo del capitán de navío Francisco Vidal Gormaz, quien marcó fuertemente su impronta por 17 años. Durante la primera década de funcionamiento, esta institución alcanzó reconocimiento nacional e internacional y se perfiló como el organismo científico y técnico de la Marina. Tenía como principales objetivos fijar el derrotero general de las costas de Chile, llevar una estadística sobre los desastres marítimos y elaborar pequeños extractos del diario meteorológico que debía llevar cada buque mercante.

La Oficina también debía instalar boyas y balizas de señalización, determinar los lugares más apropiados para la instalación de faros que guiaran a los barcos para la navegación nocturna, confeccionar tablas de mareas, estudios para precisar la dirección de las corrientes, investigaciones taxonómicas sobre la flora y fauna marina de las distintas regiones costeras y contribuir a la lectura hidrográfica y marítima global del país.

Finalmente debía recopilar, clasificar y archivar el material documental proveniente de los informes y cartas náuticas que los oficiales entregaban luego de cumplir sus derroteros, además de la información obtenida de las excursiones.

La participación de la Armada cubrió diversas dimensiones entre las que se encontraban la consolidación de entidades científicas internas, la publicación de medios de comunicación oficiales como el Anuario Hidrográfico de Chile y la exploración del litoral costero, lagos y archipiélagos del país con objetivos hidrográficos, cartográficos, meteorológicos y taxonómicos.

Rápidamente la Armada Nacional y la Oficina Hidrográfica se consolidaron como instituciones científicas de gran prestigio, lo que se reflejó en el reconocimiento que recibieron tras su participación en la Exposición Internacional de Santiago de 1875, con su completa exhibición de planos hidrográficos sobre la costa y ríos del país. Fue una muestra de su prestigio a nivel internacional, cuando pasó a ser miembro fundador de la Oficina Hidrográfica Internacional, creada en 1921 en el principado de Mónaco.

A lo largo de su historia, esta institución ha tenido cuatro nombres. El primero, desde su fundación en 1874 a 1927 fue Oficina Hidrográfica de la Marina Nacional; luego, desde 1927 a 1968, se llamó Departamento de Navegación e Hidrografía de la Armada. Un nuevo cambio de nombre ocurrió en 1968 cuando la institución se denominó Instituto Hidrográfico Nacional (IHN). El último cambio fue en 1990, desde entonces hasta la actualidad la institución se denomina Servicio Hidrográfico y Oceanográfico de la Armada de Chile (SHOA).