Hacia 1902 comenzó a publicar sus primeros poemas en la revista Zig Zag y posteriormente fueron éstos recopilados en libros como La jornada (1910) y La casa junto al mar (1919). Paralelamente, mostró su trabajo en Juventud y otras revistas internacionales, como Mundial Magazine que editaron en París los hermanos Alfredo y Armando Guido, entre 1912 y 1914.

Sus poemas iniciales los escribió inspirado en su amor de niño, Amalia Vila Magallanes, su prima, que más tarde se convirtió en su esposa. "De mis días tristes" (del libro Facetas) reflejó ese amor apasionado e imposible (ella era diez años mayor que él) que, además, inspiró el libro de Eduardo Barrios, El niño que enloqueció de amor.

Luego, toda su poesía estuvo motivada por la temática del amor imposible: "Buscará fuera de su hogar, lo que aquí no puede encontrar. Se dará a otras mujeres con pasión desordenada y fogoza, que dejarán profundas huellas en su vida" (Carmen Vidal Montecino. "La vida real en la obra de Manuel Magallanes Moure", Climax, Año 1, (7): 25, julio, 1962).

Otro de sus temas fue la naturaleza, el mar fue su motivo predilecto: "Su canto al mar generalmente se confunde con su cantar del amor; y como en el centro de toda su poesía está el amor, en sus descripciones de la naturaleza, está la mujer" (Paulius Stelingis. La poesía de Manuel Magallanes Moure. Santiago: Imprenta del Pacífico, 1959. p. 123).