Mateo Martinic ha recibido durante su vida una serie de premios y distinciones. Ya en 1969 el gobierno de la República de Yugoslavia le otorgó la condecoración de la Orden de la Bandera Yugoslava en el grado de Gran Cruz. En 1982 la Intendencia de Magallanes le entregó la condecoración "Hijo Ilustre de Magallanes" y durante el mismo año la Academia Chilena de la Historia lo designó Miembro Correspondiente. En 1985 fue nombrado Consejero Supernumerario del Instituto del Patrimonio Territorial de Chile, de la Universidad de Santiago de Chile y, además, Miembro Honorario del Colegio de Arquitectos de Chile.

Durante el año 1986 fue honrado con la designación de Miembro Correspondiente del Instituto de Estudios Asturianos (España). Asimismo, ese año fue incorporado a The Polish Institute of Arts and Sciences of America, de Nueva York.

En 1992 le fue conferida la dignidad de Socio Honorario de la Sociedad Chilena de Historia y Geografía. Tres años más tarde, en junio de 1997, fue designado miembro del Consejo Internacional de Monumentos y Sitios (ICOMOS-CHILE). En octubre de 1998 fue honrado con la membresía en calidad de Académico de Mérito por la Academia Portuguesa de Historia y le fue conferida por el gobierno de la República de Croacia, la medalla de la orden cultural Estrella Croata (Danice Hrvatske).

En el año 2000 recibió el Premio Nacional de Historia. Un año más tarde, 2001, fue nombrado Doctor Honoris Causa por la Universidad de Magallanes. En el año 2006 se le otorgó el Premio Bicentenario y el Premio Constructores de la Paz, que es entregado anualmente por el Obispado de Magallanes. Un año después, el año 2007, fue incorporado como Director del Capítulo Regional de Magallanes de la Corporación del Patrimonio Cultural de Chile y, en el 2010, fue homenajeado como Ciudadano Destacado por la Cámara de Diputados de Chile