El trabajo de investigación y difusión del folclor chileno realizado por Margot Loyola le ha valido diversos reconocimientos. Entre ellos, el más significativo ha sido el Premio Nacional de Artes Musicales que la nativa de Linares recibió en 1994, convirtiéndose en la única intérprete folclórica en obtener hasta ahora el galardón. En su discurso de agradecimiento, Margot Loyola dedicó el premio a "las cantoras anónimas de mi pueblo".