Una nueva etapa de Mapocho fue inaugurada en 1991 por la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (DIBAM). Con la asistencia del Ministro de Educación, Ricardo Lagos Escobar, fue lanzada esta edición 29, la que, con la finalidad de mantener una continuidad, prosiguió con la numeración suspendida en el año 1980. Así, lo señaló Sergio Villalobos: "Queremos que la existencia renovada de la revista sea manifestación de vida y continuidad y, en consecuencia, no agregaremos a su título el adjetivo de "nueva" ni la indicación de "segunda época". Tampoco daremos lugar a una nueva numeración, sino que seguiremos con la secuencia truncada, colocando en el frente de esta edición el número 29, que por tantos años estuvieron esperando los intelectuales y la gente culta del país" ("Nuevamente en el camino", Mapocho. Revista de Humanidades y Ciencias Sociales, (29): 7-8, Primer semestre, 1991).

La revista fue presentada, por su director Sergio Villalobos, completamente renovada no sólo en el aspecto formal sino en los criterios editoriales. Físicamente, apareció en un formato más reducido, más manipulable y con una portada distinta. En cuanto a los objetivos editoriales, se optó por una apertura a otras áreas del conocimiento: "Nos proponemos, también, dar nueva orientación a la revista, que había llegado a ser esencialmente literaria e incluso daba cabida a composiciones de ese carácter. En adelante, será una publicación de humanidades y ciencias sociales, de interés para los especialistas y para toda persona culta, de manera que su contenido sea siempre atractivo y no caiga en el laberinto de la erudición ni en metodologías abstrusas.

Interesan, más que las monografías complejas y especializadas, la interpretación, las ideas y el pensamiento original; los enfoques novedosos y el planteamiento de problemas. La reflexión será nuestra guía con la intención de superar el ambiente heredado del siglo pasado con su obsesión por el concreto y el tempo a la especulación intelectual. Para lograr los objetivos propuestos, la revista tendrá secciones de Ensayos y Estudios, Testimonios, Comentarios de Libros y Noticias Culturales ("Nuevamente en el camino", Mapocho. Revista de Humanidades y Ciencias Sociales, (29): 7-8, Primer semestre, 1991).

Se instituyó que la directiva en esta nueva etapa estaría definida por dos grupos, los cuales podían ir cambiando. Un primer grupo sería el de las autoridades, constituido por el Ministro de Educación, Ricardo Lagos Escobar; el Director de DIBAM, Sergio Villalobos R y el Subdirector DIBAM, Miguel Arteche. Además, lo integraría un Director responsable, Alfonso Calderón; un Coordinador general, Carlos Ruiz-Tagle, y un Secretario de redacción, Pedro Pablo Zegers. Un segundo grupo sería el consejo de redacción, integrado por reconocidos intelectuales de humanidades y ciencias: Miguel Arteche, Alfonso Calderón, Marco García de la Huerta, Manuel Antonio Garretón, Agata Gligo, Jorge Hidalgo, Alfredo Jocelyn-Holt L., Mario Orellana y Carlos Ruiz Tagle G.

En cuanto a las secciones se dividieron de la siguiente manera. En las primeras páginas, artículos de Humanidades y a continuación ensayos de Ciencias Sociales. En otros apartados estarían los "Testimonios", "Homenajes", "Comentarios de Libros" y "Principales actividades de la DIBAM".

El relanzamiento de Mapocho fue celebrado por los intelectuales y aplaudido por el gobierno, tal como lo reafirmó Ricardo Lagos, Ministro de Educación: "A través de sus páginas se reabren los espacios culturales que tanto nos han faltado en los últimos años y no me cabe duda que la revista, bajo la tuición de la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos y con la garantía adicional de su Director y del Consejo Editorial, será un aporte sustancial al desarrollo cultural que emprendemos en el clima de la convivencia democrática que el país ha reinaugurado" ("Palabras del Sr. Ministro de Educación", ("Nuevamente en el camino", Mapocho. Revista de Humanidades y Ciencias Sociales, (29): 9, Primer semestre, 1991).