Hijo de padres chilenos, Manuel Rojas Córdova y Dorotea Sepúlveda González, Manuel Rojas nació en Buenos Aires, el 8 de enero de 1896. Su infancia y adolescencia transcurrieron en Argentina, donde realizó diversos oficios como aprendiz de carpintero, mecánico, electricista, vendimiador y peón del ferrocarril trasandino. En esta época tomó contacto con grupos anarquistas, los que mantuvo incluso después de su regreso definitivo a Chile.

En 1912 atravesó a pie la Cordillera de Los Andes y llegó, por segunda vez, a Santiago de Chile. Durante los primeros años de estadía en el país desarrolló variados oficios, a la vez que continuó sus actividades anarquistas enviando artículos al períodico bonaerense La Batalla. Producto de estas actividades, en 1915, fue tomado preso en Valparaíso por razones políticas.

En 1918, se integró a la compañía teatral de Alejandro Flores para trabajar como apuntador. También trabajó como linógrafo en el diario La Opinión, en la revista Numen (1918-1920) y en El Mercurio. Viajó a Montevideo con la compañía de teatro y se empleó como linógrafo en La Época y La patria degli Italiani de Buenos Aires.

En 1922, en Buenos Aires, obtuvo el segundo premio en el concurso del diario La Montaña, con su relato "La laguna". Poco después su relato "El hombre de los ojos azules" obtuvo el segundo premio en el concurso de la revista bonaerense Caras y caretas.

En 1924 regresó a Chile y comenzó a colaborar con distintos diarios: El Diario Ilustrado, La Nación, El Mercurio y Federación Obrera, este último dirigido por Luis Emilio Recabarren. Gracias a la intervención de Eduardo Barrios, ingresó a la Biblioteca Nacional con el grado de bibliotecario tercero.

En 1931 su obra Lanchas en la bahía fue premiada en el concurso literario del diario La Nación. En este período trabajó como corrector de traducciones en la Editorial Universitaria y Editorial Ercilla. Fue designado director de prensas de la Universidad de Chile. A partir de 1936 fue redactor del diario Las Últimas Noticias. Este mismo año fue elegido Presidente de la Sociedad de Escritores de Chile.

En 1951 publicó su novela Hijo de ladrón, que originalmente se llamó Tiempo irremediable.

El 14 de junio de 1957, un jurado compuesto por el rector de la Universidad de Chile, Juan Gómez Millas, y los escritores Ricardo Latcham y Carlos Préndez Saldíaz, en representación de la SECH, le otorgó el Premio Nacional de Literatura.

En adelante Manuel Rojas dictó conferencias en distintos países, desarrollando una interesante labor docente. En los últimos años de su vida colaboró en el diario El Clarín.

Murió en Santiago el 11 de marzo de 1973.