Hacia 1988, año del plebiscito de octubre, los Centros de Madres se encontraban en un profundo deterioro. Muchas mujeres habían abandonado estas instituciones debido a las constantes presiones de las voluntarias por influenciar sus votos. De este modo, al dejar de ser instancias de diálogo entre las pobladoras, perdieron su dinamismo inicial. Además, se instauró una nueva ley sobre organizaciones comunitarias que desarticuló la definición social y comunitaria de los Centros de Madres y entorpeció el procedimiento de constitución de éstos. El 30 de diciembre de 1989 fue publicado en el Diario Oficial la Ley 18.893 "Sobre organizaciones comunitarias, territoriales y funcionales" en reemplazo de la Ley 16.888 dictada por Eduardo Frei Montalva. En manos de los alcaldes, los Centros de Madres fueron supeditados a los intereses de los ediles designados en los últimos años de la dictadura, en base a la descentralización administrativa impulsada por esta misma.

En los años siguientes, los Centros de Madres solo se relacionaron con las alcaldías con el fin de promover el desarrollo de la comuna y de sus integrantes, es decir, se les desvinculó casi por completo de sus orientaciones de género y de autogestión. En reemplazo de los Centros de Madres, un sinnúmero de organizaciones femeninas con distintos propósitos comenzaron a propagarse por todo el territorio. Algunas de estas tenían orientaciones políticas, otras religiosas, feministas, reivindicativas, educativas, productivas, etcétera. Aunque desvinculadas del Estado, todas estas nuevas organizaciones otorgaron al movimiento femenino una gran heterogeneidad.