Desde el tercer milenio antes de Cristo en adelante, en lugares como la desembocadura del Río Loa y Chiu-Chiu, las habitaciones han sido lugares de culto familiar. Los difuntos se enterraban bajo el piso de las casas o en estructuras-pozos muy similares. Posteriormente, algunos recién nacidos fueron enterrados en plazas con formas de corral en las quebradas de Tulán y Vilama, utilizando fosas apegadas a los muros, mucho antes de que surgieran los primeros cementerios. Paralelamente, los lugares de culto se acondicionaban en las quebradas con extensos paneles grabados con arte rupestre y las ceremonias podían incluir el consumo nasal de polvos alucinógenos.

Tiempo después, entre el siglo IX y el siglo XVI D.C., cada casa atacameña tenía también pequeños mausoleos interiores de carácter colectivo donde se depositaban los cuerpos de las distintas generaciones. En esta época, el Río Loa era cruzado por numerosos caravaneros de llamas que construían lugares de ofrenda para sus expediciones, denominados cajitas, junto a otros con forma de montículos o pilas de piedra a un costado de las rutas. Durante el dominio incaico, se construyeron santuarios de altura sobre los volcanes más elevados y grandes plazas públicas donde se efectuaban ceremonias colectivas dirigidas por funcionarios del estado cuzqueño.