En las colonias americanas se establecieron sedes de la Inquisición, las cuales tuvieron a su cargo la fiscalización de la internación de libros por los puestos fronterizos y servicios aduaneros. Los comisarios allí apostados, funcionarios del tribunal, registraban las cargas y equipajes de los navíos que desembarcaban en busca de impresos.

En su Historia del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición de Lima (1596-1820), José Toribio Medina, da cuenta de varios procesos por lectura y tenencia de libros prohibidos ejecutados durante el siglo XVIII, los cuales, sin embargo, no terminaron con condenas importantes.

La censura recayó incluso sobre algunos libros de temática religiosa. Uno de ellos fue la obra del jesuita Pedro de Torres Excelencias de San José, varón divino, patriarca grande, publicada en 1716. La prohibición que afectó a los escritos de la Orden jesuita se endureció luego de su expulsión de los territorios de la Monarquía. Un caso emblemático es el de Manuel Lacunza y su obra Venida del Mesías en gloria y majestad, la cual fue vetada por su afiliación a la doctrina milenarista, según juzgó la Inquisición. Junto con impedir la circulación de impresos de los hermanos de la Orden, también se fomentó la divulgación de otros que impugnaban su obra y los principios de su espiritualidad.

Algunas de las ideas que más circularon en Chile de forma clandestina -sobre todo desde mediados del siglo XVIII- fueron aquellas contenidas en el programa ilustrado. En sus viajes a Europa, un grupo de criollos tomaron contacto con este movimiento y regresaron a Chile trayendo consigo ejemplares de algunas de sus obras emblemáticas, como la Enciclopedia de Diderot, los escritos de Montesquieu, Rousseau, Voltaire, Linguet, Marmontel, Helvétius, Holbach y D'Alembert, además de una serie de tratados científicos, exponentes del saber experimental que florecía en el Viejo Mundo. El estallido de la Revolución Francesa provocó que las autoridades redoblaran la vigilancia aplicada a los libros, con el fin de evitar que el germen insurgente se desarrollara en la conciencia de los criollos. Con todo, el flujo de libros ingresados por contrabando nunca cesó y se volvió cada vez más recurrente en círculos intelectuales ávidos de nuevas ideas. Los mismos que, a la postre, se convertirían en protagonistas del movimiento independentista nacional.