Las relaciones familiares durante todo el período colonial estuvieron marcadas por la dicotomía entre el discurso oficial de la Iglesia y del Estado, que apuntaba hacia una mayor formalidad al interior de las normas morales católicas; y la práctica cotidiana, en la que predominaban altos niveles de informalidad.

Durante los primeros años de la conquista, las relaciones familiares estuvieron marcadas por la precariedad, en un contexto de guerra permanente que hacía muy difícil la normalización de las relaciones sociales. Posteriormente, durante los siglos XVII y XVIII, las familias de la elite se fueron acomodando poco a poco al discurso oficial de la Iglesia católica, mientras los sectores más humildes de la población se mantenían al margen de la prédica oficial, manteniendo relaciones con un alto grado de informalidad y precariedad.

La progresiva desintegración de la familia indígena y el crecimiento de los mestizos libres a expensas de la población sometida al régimen de encomienda constituyó un obstáculo de magnitud para el estamento eclesiástico, que tuvo que hacer frente a prácticas sociales que contradecían el discurso oficial sobre la familia, como el alto número de uniones de hecho y los persistentes índices de ilegitimidad, que bordeaban el 40 o 50 por ciento de los nacimientos.