En los siglos XVI, XVII y parte del XVIII, no existía una enseñanza formal de la medicina en nuestro territorio, por lo que los médicos debían formarse en la Universidad de San Marcos, en Lima. La situación cambió en 1756 cuando se inauguraron los estudios oficiales con la cátedra de medicina, impartida por la Universidad de San Felipe, en Santiago. El plan de estudios se desarrollaba en 4 años de "Prima Medicina", materia teórica dictada por un solo docente en clases diarias de una hora y media. Tras ser aprobada se obtenía el título de Bachiller, mientras que el de Médico se obtenía luego de realizar una práctica de dos años en el Hospital San Juan de Dios. El periodo académico se extendía desde marzo a septiembre y los exámenes se realizaban, en latín, al final del periodo lectivo (agosto). Para el examen de título de médico, se sorteaba al azar un texto de estudio (entre ellos los de Galeno, Avicena, Hipócrates y Piquer), acerca del cual el candidato debía disertar 8 días después. El carácter teórico y la separación entre médico y cirujano (es decir, la distancia con el cuerpo del enfermo), se hacía patente con la inexistencia de una cátedra de anatomía en nuestro país.

Entre los docentes destacó el médico irlandés Domingo Nevin, quien dio inicio a la materia de "Prima Medicina" y fuera uno de los innovadores en el campo de la tuberculosis, al declarar y defender su carácter contagioso. Su discípulo, fray Pedro Manuel Chaparro aplicó con éxito, al mismo tiempo que en Europa, la "variolización" durante la epidemia de 1765, que consistía en el contagio intencional de la viruela a personas sanas para lograr su inmunidad. Pese a sus deseos de mejorar la enseñanza de la medicina con la introducción de las teorías y textos de Harvey, Morgagni, Sydenham y Boerhaave, entre otros, éstas no fueron aceptadas.

El éxito de los estudios de medicina en este período fue relativo, porque contó con pocos egresados en alrededor de cincuenta años de funcionamiento (hacia 1810 solo se graduaron cuatro médicos y tres bachilleres). La enseñanza de la medicina en el Chile colonial debió enfrentar la falta de profesores, así como los prejuicios asociados a la práctica de la profesión que, además de reportar pocos ingresos, era considerada entonces como un oficio plebeyo y degradante.