En 1839, Claudio Gay aceptó escribir por encargo de Mariano Egaña, Ministro de Justicia e Instrucción Pública, una historia política de Chile. Viajó al Perú y consultó los archivos del Cabildo, de la Capitanía General, de la Real Audiencia, de las intendencias de la Universidad de San Felipe, además de varios papeles y documentos particulares. En 1844 comenzó a publicar en París, la Historia Física y Política de Chile, traducida al español por Pedro Martínez López. Concluyó su monumental trabajo en 1870-1871 después de imprimir ocho tomos. La obra, en su parte histórica, obtuvo una crítica favorable de Andrés Bello, pero también fue atacada por quienes la consideraron como mera crónica carente de una filosofía de la historia. Claudio Gay respondió, como también lo habría hecho Andrés Bello: para escribir una filosofía de la historia se requiere inicialmente reunir y exponer los materiales. A juicio de Gay, para el caso de Chile, hacer historia filosófica "sería comenzar por donde se acaba". En este sentido, el naturalista francés fue el iniciador de la escuela narrativa que caracterizó a la historiografía chilena en el siglo XIX. Pese a las dificultades que enfrentó, Claudio Gay logró escribir la primera historia general de Chile con características modernas. Fundada en la recolección de gran cantidad de material, entre ellos, documentos oficiales, estudios, informes y cartas desconocidas en la época, alcanzó un nivel de conocimiento del pasado más completo que todo lo producido hasta entonces. No obstante, la obra de Gay es dispareja. En lo que se refiere a la Conquista, sección que redactó personalmente, ha sido evaluada positivamente. Sobre la Colonia, fundada en las crónicas de Carvallo y Goyeneche y Pérez García, la calidad decae. La parte dedicada a la Independencia, ha sido considerada como la mejor de todas.