El primer concilio de Lima realizado entre 1551 y 1552 castigó severamente tanto a los hechiceros que obstaculizaban la conversión de los indios o hacían regresar a los ya bautizados a sus antiguas creencias, como a los indígenas cristianos que acudían donde ellos. Para los indígenas, la pena consistía en cincuenta azotes públicos y corte del cabello. Si reincidían, la pena aumentaba a cien azotes públicos, diez días de cárcel y confiscación de la tercera parte de sus bienes para la iglesia del pueblo. Los españoles, en cambio, eran castigados con cincuenta pesos y excomunión y, en caso de reincidir, con cien pesos, excomunión, vergüenza pública y destierro.

El segundo concilio de Lima (1567) puso especial énfasis en la necesidad de identificar y encarcelar a los hechiceros que continuaban estas prácticas, no incluyendo dentro de éstas a la medicina herbolaria indígena, siempre que estuviera despojada de todo ceremonial o ritual supersticioso.

El tercer concilio de Lima (1582-83) derogó las disposiciones del primero e instó al exacto cumplimiento del segundo, ordenando la aplicación de penas corporales suaves a los indígenas, por no entender cabalmente el alcance de las espirituales como la excomunión.

En el sínodo diocesano de Santiago (1626) se acordó la pena de excomunión mayor para los españoles que solicitaran hierbas, piedras u otros elementos para alcanzar fines ilícitos, ya sea lavándose con sus aguas o portándolos consigo, o que practicaran la adivinación o participaran en machitunes. El castigo para los indígenas en tanto, consistía en asistir a misa de rodillas con una soga amarrada al cuello, a lo que se agregaba veinte o treinta azotes si reincidían. El sínodo determinó además, que los indígenas hechiceros que ejercían la magia negra y amorosa fuesen desterrados.