Como la mayoría de las instituciones coloniales, la Iglesia tuvo un rol ambivalente sobre la esclavitud de los negros, ya que las diversas órdenes religiosas no siempre actuaron en concordancia sobre este tema. Varios de sus integrantes comerciaron, ocuparon y administraron esclavos. Casi todos los monasterios, colegios, conventos y beaterios fueron dueños de al menos un esclavo. Esto de acuerdo al contexto de la época, en que casi ninguna organización civil, religiosa o militar prescindió de ellos; es más, hasta algunos esclavos que consiguieron su libertad, tuvieron algunos bajo su poder.

A pesar de lo anterior, al interior de la Iglesia también hubo representantes que se opusieron a esta práctica. En Chile, el obispo Francisco Salcedo, en una carta al rey, denunció que en Santiago se estaban comerciando africanos "que estaban en Angola y Congo libres, sin rastro de guerra o esclavitud" (Carta de Francisco de Salcedo en que denuncia la venta de esclavos ilegítimos desde Buenos Aires a Santiago, entre otras cosas. En Lizana, Elías. Colección de documentos históricos recopilados del Archivo del Arzobispado de Santiago. Tomo 1. Cartas de los Obispos al Rey, 1564 - 1814. 1919-1921. p. 165). Aun así, el eclesiástico era propietario de esclavos, según cuenta el historiador Gonzalo Vial.

Aunque toleró y practicó la esclavitud, la Iglesia chilena se preocupó constantemente de hacer más llevadera la vida de los negros. En los sínodos diocesanos existieron diversas cláusulas para favorecer la unión de la familia esclava. Sin embargo, su mayor énfasis estuvo en proporcionar el bautismo, predicar el evangelio (catequesis) y la organización de cofradías.

La labor más destacada fue la desarrollada por la Compañía de Jesús, especialmente, por el padre Alonso de Ovalle. En su Histórica Relación del reino de Chile, el jesuita relata diversos episodios sobre las dificultades de la evangelización de los negros bozales: la diversidad de lenguaje, la falta de contingente eclesiástico, sus problemas para entender la palabra de Dios, entre otros. Muchas veces -reconocía- pasaba varias horas con uno de ellos, pero no desfallecía. Le enorgullecía el hecho de que "saben todos el gusto y puntualidad con que acudimos a servir en esto al mas pobrecito negro" (Alonso de Ovalle. Histórica relación del Reyno de Chile y de las missiones y ministerios que exercita en el la Compañía de Jesús. 1646, p. 340). Prueba de sus resultados en la prédica es el testimonio en que cuenta que "los negros cantando la doctrina cristiana pasan en procesión" (Íbidem, p. 340). Por su celo, paciencia y laboriosidad, el historiador Walter Hanisch lo apodó "el apóstol de los negros".

Ovalle organizó y dirigió la cofradía de morenos de Nuestra Señora de Belén. A él también se debe la realización de la Pascua de los Negros el 6 de enero, día de la Epifanía de Jesucristo. En su obra, relató algunos pormenores de esta festividad: "Para mayor solemnidad de esta fiesta eligen los morenos cada año por votos un rey de su mesma nación, cuya corona dura todo este día... a la qual vienen algunos vestidos a la española muy galanos, y lucidos, otros a la usanza de su tierra con arco y flecha" (Íbidem, p. 345). Benjamín Vicuña Mackenna describe más detalles de las procesiones de esta cofradía hasta su disolución en 1686, así como de otras organizaciones religiosas como la cofradía de los mulatos de Nuestra Señora de la Candelaria de los agustinos.