En 1942, Alberto Cruz Covarrubias se integró como docente a la Facultad de Arquitectura de la Pontificia Universidad Católica de Chile, donde desempeñó el cargo de profesor ayudante del arquitecto Alberto Piwonka (1917-1992) para el Taller de Composición Decorativa. Durante este período participó en la transformación de la metodología del taller, experiencia que constituyó un antecedente del Curso del Espacio, llevado a cabo en la Escuela de Arquitectura de la Universidad Católica de Valparaíso (UCV) a partir de 1952.

A fines de la década de 1940, Cruz Covarrubias conoció a Godofredo Iommi Marini (1917-2001). Juntos convocaron a un grupo de jóvenes arquitectos para reflexionar en torno a la relación entre arquitectura, poesía, arte, escultura y otros oficios. Este grupo se trasladó en 1952 a Valparaíso para fundar la Escuela de Arquitectura de la UCV, tras la invitación recibida por Cruz de parte de su rector, el padre jesuita Jorge González Förster (1908-1993).

Alberto Cruz Covarrubias, junto a los arquitectos Arturo Baeza (1927-1981), Jaime Bellalta (1922-2012), Fabio Cruz Prieto (1927-2007), Miguel Eyquem Astorga (1922-2021), Francisco Méndez Labbé (1922-2021), José Vial Armstrong (1926-1983), el escultor Claudio Girola Iommi (1923-1994) y el poeta Godofredo Iommi, se instalaron de manera definitiva en Valparaíso y formaron el Instituto de Arquitectura, que se configuró como un centro de investigación en el que se desarrollaron los fundamentos de las propuestas académicas que dieron pie a la Escuela de Arquitectura de la UCV.

Desde el Instituto propusieron una nueva metodología de enfoque multidisciplinario para la docencia basada en el concepto y acto de observación, que profundizaron durante los dos primeros años de su instalación. Esta nueva forma de entender y enseñar la arquitectura en la universidad quedó manifestada en dos emblemáticos estudios liderados por Cruz y que desarrolló el Instituto en 1954: el "Estudio urbanístico para una población obrera en Achupallas" y el "Proyecto para una capilla en el fundo Los Pajaritos"; los que adquirieron el carácter de manifiesto arquitectónico, tanto para el Instituto, como para la Escuela (Cruz Covarrubias, Alberto y otros. Fundamentos de la Escuela de Arquitectura. Universidad Católica de Valparaíso, Valparaíso: Ed. Escuela de Arquitectura UCV, 1971, p. 41-129).

En 1959, la Escuela de Arquitectura de la UCV participó en la Primera Conferencia Latinoamericana de Facultades de Arquitectura, realizada en la Facultad de Arquitectura de la Universidad Católica de Chile el 12 de noviembre de 1959. En esta, Alberto Cruz Covarrubias expuso sobre la visión de la Escuela, junto a los planes de estudio y los proyectos realizados hasta esa fecha por sus estudiantes y académicos (Cruz Covarrubias, Alberto. "Improvisación del Sr. Alberto Cruz C. Profesor Jefe de Taller de la Universidad Católica de Valparaíso". Primera Conferencia de Facultades Latinoamericanas de Arquitectura, 1959. Recuperado de ead.pucv.cl, fecha de consulta 31 de enero de 2024).

Entre 1956 y 1964, algunos miembros del instituto y profesores de la Escuela se radicaron en Europa (Londres, Inglaterra, y París, Francia) lo que dio pie a una colaboración entre quienes permanecieron en Valparaíso y las redes de contactos generadas con grupos intelectuales, artísticos y profesionales de ese continente.

De dicho intercambio derivaron dos hitos que configuraron una nueva etapa para la Escuela: el desarrollo de las Phalène y la formulación de la idea de Amereida y sus proyecciones posteriores.

La palabra Phalène proviene del francés y designa a un tipo de mariposa nocturna. Para los miembros de la Escuela de Valparaíso dicha metáfora del vuelo de la Phalène tomó la forma de acciones y recorridos por la ciudad y sus alrededores, en interacción con transeúntes desconocidos en los que se propagó la "poesía hecha por todos", por medio de la improvisación colectiva, es decir, lo que refirieron como acto poético (Iommi Marini, Godofredo. "Segunda carta sobre la Phalene". Dos conversaciones de Godofredo Iommi. Viña del Mar: Ed. Taller de Investigaciones Gráficas UCV, 1984, p. 2).

En 1967, profesores y alumnos de la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Católica de Valparaíso comenzaron un movimiento universitario que buscó la renovación no solo de su propia facultad, sino que de toda la institución universitaria. Así quedó planteado en la declaración pública del 15 de junio de 1967, que luego se constituyó como manifiesto. Este fue un primer paso trascendental para diseminar la necesidad de una reforma universitaria a nivel nacional, tal como ocurrió en otros países del mundo. Con motivo de la misma, se fundó el Instituto de Artes, dependiente de la Facultad de Arquitectura, además de los institutos de Matemáticas, Ciencias Básicas y Lenguas.

En 1967, Alberto Cruz Covarrubias fue nombrado director del recién fundado Instituto de Arte por un período y luego retomó sus labores docentes en la Escuela de Arquitectura de la UCV, haciéndose cargo, entre otros, del curso Taller de Amereida, talleres de titulación, entre otros.

En 1984 se le designó como Decano de la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la PUCV, cargo que desempeñó hasta el año 1991. En adelante, siguió desempeñándose como profesor, hasta un mes antes de su fallecimiento, en septiembre de 2013.