Juan Luis Sanfuentes fue diputado por Coelemu por el periodo 1888-1891. Fue partidario del Presidente José Manuel Balmaceda (1886-1891), en cuyo gobierno tuvo destacada participación su hermano Enrique Salvador Sanfuentes. Tras la derrota del Gobierno en la Guerra Civil de 1891, se retiró del mundo público y se dedicó a los negocios.

En 1893 los antiguos partidarios de Balmaceda se reagruparon en el Partido Liberal Democrático o Liberal Balmacedista, que algún tiempo después estableció alianza con el Partido Conservador para formar gobierno durante la presidencia de Federico Errázuriz Echaurren (1896-1901). En 1900, el Partido se dividió en dos fracciones, encabezada una por Claudio Vicuña, y la otra por Juan Luis Sanfuentes.

Juan Luis Sanfuentes fue electo senador por Valdivia por el período 1900-1906. Poco después, en 1901, el Presidente Errázuriz lo nombró ministro de Hacienda. Ese mismo año, ambas fracciones balmacedistas se unificaron para apoyar la candidatura de Germán Riesco Errázuriz, quien resultó electo presidente (1901-1906). A fines de 1901, fue nombrado ministro subrogante de Justicia e Instrucción Pública (23 de agosto), y luego ministro de Hacienda (18 de septiembre). En 1906 fue elegido presidente del Senado, siendo luego elegido senador por Concepción por el período 1906-1912.

Durante el gobierno de Pedro Montt (1906-1910), el Partido Liberal Democrático nuevamente sufrió una división entre la fracción de José Elías Balmaceda y la de Sanfuentes. En 1912, Sanfuentes fue reelegido senador por Concepción por el período 1912-1918.

Durante el gobierno de Ramón Barros Luco (1910-1915), el senador Sanfuentes se desempeñó como presidente del Partido Liberal Democrático.