José Zapiola fue "hijo del amor entre un acomodado estudiante argentino de la Universidad de San Felipe, Bonifacio Zapiola Lezica, y de la joven chilena Carmen Cortés, que se conocieron en casa de amigos comunes" (Santander, Almagro. "Recuerdos de treinta años", La Prensa Austral (Punta Arenas), 30 de agosto, 1975, p. 2). Este joven llegó a Chile en 1801, a completar la carrera de Leyes -que había iniciado en la Universidad de Córdoba- en la Universidad de San Felipe, como solía ocurrir "en esos años de trashumancia intelectual en que los alumnos corrían la América buscando las coyunturas más favorables al estudio" (Pereira Salas, Eugenio. "Prólogo". Recuerdos de treinta años, p. 9).

Se desempeñó como practicante en la Real Audiencia, al tiempo que trabajaba paralelamente en el gabinete de Bernardo Vera y Pintado. Junto a este y a Ventura Blanco Encalada, según describe Pereira Salas, participó de numerosas veladas, en una de las cuales conoció a Carmen Cortés, "de la cual se enamora perdidamente en el momento" (ibíd.). Sin embargo, tras el nacimiento de José Luis, Bonifacio Zapiola los abandonó. Desde entonces les envió una pensión de 50 pesos mensuales.

Cuando José Zapiola viajó a Argentina en 1824 a buscar a su padre, Bonifacio se negó a reconocerlo como hijo porque éste "se había degradado con la profesión de músico" (Íd., p. 15). Entonces José decidió renegar de su origen y adoptar el apellido Mendiola