La Guerra Civil de 1891 afectó a la estructura de los partidos políticos del siglo XIX. Entre 1863 y 1891 hubo cinco partidos principales: el Conservador, Liberal, Nacional, Liberal Democrático y Radical. Solo el primero existía al comenzar la República. Después de los sucesos de 1891, los partidos aumentaron a siete: los conservadores, del lado de los triunfadores; los nacionales, que mantuvieron su presencia y se acercaron a los liberales; los radicales, cuyo auge electoral y político cobró mayor significado y trascendencia; los demócratas, que se reformularon en una nueva organización; y los liberales democráticos, fracción avanzada del liberalismo.

El grupo conservador mantuvo la línea que lo caracterizó durante el siglo XIX, es decir, representó a una clase cerrada, apegada a la tradición rural, muy aferrada a los principios del catolicismo, que mantenía un fuerte poder social y económico. Después de 1891, el Partido Conservador y el Liberal tendieron a acercarse cada vez más, debido a las afinidades programáticas en materia económica, constituyendo ambos partidos la llamada Coalición. Hubo, no obstante, otras fuerzas que mantuvieron la tradición política del liberalismo y que actuaron junto a radicales y demócratas. Estos, los liberales democráticos y liberales doctrinarios, junto a los anteriores constituyeron la Alianza Liberal. Por otra parte, el radicalismo mantuvo una tendencia asociada al liberalismo político, aunque también la sostuvo en lo económico. Así, el Partido Radical no modificó sustancialmente sus perfiles del siglo XIX, y durante todo el período parlamentario su orientación ideológica siguió inspirándose exclusivamente en las ideas liberal-individualistas.

El Partido Nacional mantuvo en este período su protagonismo político siendo su presencia constante hasta 1924. Entre 1891 y 1896 se fusionó con el Partido Liberal, y posteriormente oscilaron sus vínculos entre la Coalición y la Alianza Liberal. A su vez, el Partido Liberal Democrático o Balmacedista representó a los derrotados de la guerra civil y, en consecuencia, buscó retornar al régimen presidencialista, siguiendo la figura del ex presidente José Manuel Balmaceda. Por último, el Partido Democrático fue un partido relativamente nuevo para el período parlamentario, al fundarse en 1887. En su primer programa, en 1889, establecía que su objetivo era "la emancipación del pueblo".

Reflejo de las fuerzas políticas al comienzo de la época parlamentaria, fueron las elecciones del poder legislativo de 1894 que arrojaron la siguiente representación parlamentaria: 29 conservadores, 26 balmacedistas, 21 liberales, 15 radicales, y 5 nacionales. El mismo año se produce un hecho importante al surgir la Coalición Liberal-Conservadora, cuyo primer triunfo lo alcanzó en la elección presidencial de 1896 con Federico Errázuriz Echaurren, enfrentando a la combinación denominada Alianza Liberal. Errázuriz obtuvo 137 votos, contra 134 del candidato aliancista Vicente Reyes. En la decisión final del Congreso, el primero obtuvo 62 sufragios, contra 60 del segundo.