Durante la segunda mitad del siglo XIX, tomó cuerpo una larga batalla entre el Estado y los Grupos liberales, por un lado, y la Iglesia Católica y los sectores conservadores, por el otro; la que se extendería hasta que en 1925 se decretase oficialmente la separación entre Iglesia y Estado. Las reformas secularizadoras de los gobiernos liberales privaron a la Iglesia del monopolio que ejercía en numerosos ámbitos de la vida pública nacional; asimismo, la expansión de la educación laica fiscal era otro motivo de preocupación para los grupos conservadores, que intentaron impulsar la educación privada de corte católico y limitar los alcances del Estado docente.

La disputa por la educación alcanzó un momento de máxima confrontación en 1872, cuando el ministro conservador de Culto e Instrucción Pública, Abdón Cifuentes, dictó un decreto que permitía a los colegios privados dar sus propios exámenes, lo que inmediatamente provocó conflictos con la Universidad de Chile, que funcionaba como superintendencia de educación, y por extensión también con el Instituto Nacional.

El rector del Instituo, Diego Barros Arana, fue blanco de las críticas y denuncias de sectores ligados estrechamente a la Iglesia Católica, debido a su pensamiento liberal y a su tendencia laica. Estas denuncias lograron opacar las importantes reformas que introdujo en materia educacional en el Instituto Nacional, y terminaron por provocar su salida del mismo. Se usó como excusa el desorden que provocaron los alumnos al interior del establecimiento en junio de 1872.

A la salida de Barros Arana, siguió poco tiempo después la de Abdón Cifuentes, lo que significó el quiebre de la Fusión liberal-conservadora y el predominio del Partido Liberal en los gobiernos sucesivos. El decreto de Libertad de Exámenes fue revocado y la educación pública sufrió una reestructuración en 1879, mediante la cual se creó el Consejo de Instrucción Pública, con la misión de supervisar los organismos educacionales públicos y privados, quitándole a la Universidad de Chile el papel de directora y garante del sistema educativo y transformándola en una universidad docente. Los conservadores respondieron creando la Universidad Católica en 1888, en un esfuerzo por contrarrestar el empuje de la educación fiscal y con la finalidad de formar una clase dirigente educada en los valores católico-conservadores.