La conquista del territorio de Guatemala y Chiapas se inició en 1523, con la llegada de las huestes hispanas encabezadas por Pedro de Alvarado. Paraleamente, Hernán Cortés inició una fracasada campaña de conquista del territorio maya de Yucatán, la que fue retomada en 1542 por Francisco de Montejo, quien fundó la ciudad de Mérida y sometió a los indígenas de la región.

Durante el siglo XVI, tanto Guatemala como Yucatán debieron enfrentar alzamientos indígenas y desastres naturales que destruyeron en repetidas oportunidades los principales centros urbanos. Debido a su carácter estratégico para la corona y su lejanía de Ciudad de México, a ambas regiones se les concedió un amplio margen de autonomía, constituyéndose en capitanías generales. En el caso de Guatemala, Chiapas, Nicaragua, El Salvador, Honduras y Costa Rica, el mando político recayó en la Real Audiencia instalada en la ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala; mientras que en el caso de Yucatán en un gobernador de corte político y militar.

A fines del siglo XVIII, se creó una nueva Audiencia con sede en Chiapas, que permaneció subordinada a la Real Audiencia de Guatemala. Por otra parte, en 1785, se subdividió el territorio de Guatemala en varias intendencias, que tras las guerras de independencia se convertirían en naciones (Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica) o se incorporarían a México, como fue el caso de Chiapas.

La historia colonial de Guatemala, Yucatán y Centroamérica fue relatada por numerosos cronistas de origen militar, eclesiástico o administrativo. Entre las obras más notables se encuentra la Historia de la provincia de S. Vicente de Chyapa y Guatemala de la orden de nro. Glorioso Padre Sancto Domingo 1619 del sacerdote dominico Antonio de Remesal; Historia de Yucathan (1688) de Diego López de Cogolludo; Historia de la conquista de la provincia de El Itzá (1701) de Juan de Viillagutierre Sotomayor; Chronica de la provincia del Santissimo Nõbre de Jesus de Guatemala (1714) del franciscano Francisco Vázquez; y el Compendio de la historia de la Ciudad de Guatemala (1808-1810) del historiador guatemalteco Domingo Juarros.