Los gobiernos de la Concertación, en el marco del crecimiento con equidad, se ocuparon de responder al principal problema del sistema escolar: la baja calidad y la inequidad de la distribución social de sus resultados. La cobertura dejó de ser el tema fundamental para pasar a ser la experiencia formativa ofrecida a la población. Para ello, se aumentó sustantivamente el gasto público, el fortalecimiento del sistema de subvenciones y el financiamiento compartido en las escuelas básicas privadas subvencionadas como los liceos municipales y privados subvencionados. Se reguló la profesión docente mediante el Estatuto Docente (Ley 19.070 de 1991), lo que significó que los profesores pasaron del Código del Trabajo a una regulación nacional específica. Por otra parte, el Estado asumió la iniciativa de promover la calidad y equidad de la educación, por lo que durante la década de 1990 se crearon los "programas de mejoramiento de la calidad", enfocados a escuelas de sectores vulnerables, así como a la educación pre-escolar, básica y media. También se creó un nuevo marco curricular en estas últimas dos, lo que por primera vez en la historia otorgó espacios importantes de libertad a los establecimientos para definir sus propios planes y programas de estudio.

Además, se implementó la extensión de la jornada escolar, con miras a la llamada Jornada Escolar Completa, establecida por ley en 2006, mientras se amplió la aplicación de la prueba Simce. El proyecto de Jornada Escolar Completa tiene entre otras normativas, que los establecimientos subvencionados están obligados a tener un 15% de matrícula de niños considerados vulnerables, como una manera de favorecer la integración social. Todos estos temas han sido acompañados de un aumento de la cobertura en la educación media, pre-escolar, salas cunas y jardines infantiles. Pese a estas medidas, actualmente el Estado chileno solo ejerce un papel regulador del sistema y una acción subsidiaria respecto a los privados. Los responsables de la educación pública, en cambio, son los municipios, los que con pocos recursos, están obligados a garantizar el derecho a la educación. Su acción es realizada con graves limitaciones y con escasa autonomía en la gestión. En cuanto a la educación superior, se duplicó su cobertura entre 1991 y 2008, siendo su mayor alza en los grupos de mayores ingresos. Actualmente, el 70% de los matriculados en la educación superior son la primera generación de su familia en acceder a la universidad. Sin embargo, este avance se enfrenta a un grave problema: los aranceles universitarios de Chile son los más caros del mundo, obligando a miles de jóvenes a endeudarse con la banca privada. Tanto esa situación, como la mala calidad de muchos establecimientos subvencionados y la mantención de la LOCE aprobada por la dictadura, llevaron a la llamada "revolución pingüina" de 2006, que en mayo y junio de ese año sacudió al país con protestas de los secundarios y luego de los universitarios.