Pese a ser electo Presidente con el apoyo de la Alianza Liberal, Germán Riesco debió enfrentar desde el primer mes de gobierno una constante rotativa ministerial provocada por el dominio sin contrapeso de los partidos y su representación parlamentaria, los cuales creaban y desarmaban alianzas y coaliciones constantemente. En total su gobierno sufrió 16 cambios totales de gabinete y tres parciales, entendiendo por total aquel cambio que incluye el reemplazo del ministro del Interior. Para algunos este fue el momento en que la obstrucción política, propia del parlamentarismo chileno, alcanzó su máximo apogeo.

El primer gabinete del Presidente Riesco estuvo conformado por las más altas personalidades del liberalismo reunificado y triunfante, nacido de la campaña presidencial de 1901. Ramón Barros Luco fue nombrado ministro del Interior, Juan Luis Sanfuentes asumió en la cartera de Hacienda y Manuel Egidio Ballesteros el Ministerio de Instrucción Pública, los dos últimos representantes de las divisiones internas del balmacedismo. Esta pugna llevó a la salida de Sanfuentes solo quince días después de la jura del primer gabinete.

Desde los primeros cambios de ministros, Riesco debió desenvolverse entre el apoyo de la Alianza Liberal y la Coalición Conservadora, llegando incluso a formar gabinetes netamente administrativos cuando no se conseguía formar ninguna mayoría parlamentaria y también universales en aquellas ocasiones en que cada conglomerado alcanzaba la mayoría en una de las Cámaras.

Los primeros tres ministerios fueron liberales, turnándose la cartera del Interior entre Ismael Tocornal y Barros Luco. Este fue el período en que se firmaron los Pactos de Mayo con Argentina y se aprobó el Código de procedimiento civil.

Las elecciones parlamentarias de 1902 llevaron a los balmacedistas a firmar un compromiso con nacionales y conservadores. Esta nueva mayoría significó la conformación del primer gabinete de Coalición del gobierno, el cual quedó a cargo del nacional Elías Fernández Albano como ministro del Interior. Entonces Sanfuentes, quien se convertiría en el gran obstáculo de la estabilidad ministerial del quinquenio, intentó remover a los intendentes y gobernadores afines a la Alianza Liberal, a lo cual Riesco respondió que analizaría caso a caso según méritos personales. Esto produjo la renuncia del gabinete y la presión hacia el parlamento para que no se aprobaran las leyes de presupuesto que el mismo ministerio había propuesto. Estas pugnas entre pequeños grupos políticos tuvieron el poder de hacer tambalear las leyes periódicas. El nombramiento de intendentes y gobernadores llevaba consigo importantes intereses electorales y, por lo tanto, mutuas acusaciones de intervención, razón por la cual estos cargos se convirtieron en una causa fundamental para la transformación de los gabinetes.

A comienzos de 1903, Germán Riesco enfermó de fiebre tifoidea. El 4 de abril llamó nuevamente a Barros Luco como ministro del Interior, con el fin de que asumiera inmediatamente como vicepresidente del país, cargo en el que se mantuvo hasta el 5 de junio y que le significó leer el mensaje al Congreso de ese año.

El balmacedismo siguió realizando frecuentes y bruscos virajes políticos. Ya acercándose el final de la administración, volvieron a pactar con los conservadores con miras a las presidenciales de 1906, entonces los nacionales se alejaron de la Coalición y se unificaron, junto con su candidato Pedro Montt, acercándose hacia la Alianza Liberal. Esta candidatura ocupó como centro de su campaña el objetivo de poner fin a las crisis ministeriales, resaltando el carácter autoritario del aspirante a La Moneda y el recuerdo del gobierno de su padre Manuel Montt.