El colegio San Ignacio era dirigido entonces por padres españoles, aragoneses y catalanes, hombres rígidos con los cuales el padre Vives chocó rápidamente. El primer motivo de los roces fue su actitud cálida y comprensiva hacia los alumnos, criterio que no era compartido por sus superiores que habían impuesto un estilo más estricto y autoritario. La otra razón de desacuerdo fue su inclinación por servir a los obreros, actitud que lo alejaba completamente del clero nacional, más inclinado a relacionarse con las elites del partido conservador.

Su acción social, fruto de la aplicación directa de la encíclica Rerum Novarum, fue resistida por los sectores sociales más tradicionales. Las recomendaciones al rector del San Ignacio no se hicieron esperar. Rápidamente Fernando Vives fue trasladado a Córdoba donde residió entre 1912 y 1914. En Córdoba creó dos cooperativas de consumo, una empresa de construcción de habitaciones baratas, cines, diversos círculos de estudios sociales, un asilo para huérfanos y la dirección de la Sociedad Obrera San José. En 1915 regresó al colegio San Ignacio de Santiago, retomando sus clases de historia así como sus actividades a favor de los obreros y de la difusión de la doctrina social de la Iglesia. El padre Vives organizó a los jóvenes en círculos de estudios que pasaron rápidamente de la teoría a la acción, insertándose entre los trabajadores y visitando organizaciones y universidades para discutir los problemas económicos y sociales del país.

Las iniciativas de Vives permitieron la formación del sindicato de Choferes de Santiago en 1916 y el Sindicato de Repartidores de Leche. En 1917 creó un secretariado social para atender a los trabajadores y a sus instituciones y organizarlos en defensa de sus intereses. Gracias a esta iniciativa surgieron los sindicatos de Empleados del Comercio, de Enfermeros, de Ferroviarios y el del Agua. Sus actividades volvieron a ponerlo en una situación difícil frente al partido conservador y a la jerarquía eclesiástica. De modo que, en enero de 1918, fue exhortado a dejar el país nuevamente y obedeciendo las órdenes eclesiásticas se dirigió inmediatamente hacia Buenos Aires y luego a España.