Creado en 1964, siendo Presidente de la República Jorge Alessandri Rodríguez, el Instituto surge con el objetivo de promover el cultivo, progreso y la difusión de las Letras, las Ciencias y las Bellas Artes. En 1982, a partir de la ley 18.169, el Instituto queda definido como una corporación autónoma, con personalidad jurídica, de derecho público. En este ámbito, su vínculo con la autoridad máxima se realiza a través del Ministerio de Educación. En la misma norma jurídica se indica que el "Instituto de Chile estará constituido por la Academia Chilena de la Lengua (1885), por la Academia Chilena de la Historia (1933), por la Academia Chilena de Ciencias (1964), por la Academia Chilena de Ciencias Sociales, Políticas y Morales (1964), por la Academia Chilena de Medicina (1964), y por la Academia Chilena de Bellas Artes (1964)". Esta multiplicidad de actores que la componen, no impide que cada una de estas academias actúe en forma autónoma en su organización interna.

La administración del Instituto Chile, se compone de un Consejo integrado por el Director de la Academia Chilena de la Lengua y por los presidentes de las demás academias. A su vez, forman parte del Consejo dos delegados, Miembros de Número de cada una de las seis academias. Uno de sus principales objetivos es coordinar las acciones de cada institución integrante, y conseguir el cumplimiento de los fines generales del Instituto, es decir, el fomento a la producción y difusión de conocimientos. Para lograr el objetivo indicado anteriormente, el Instituto cuenta con un patrimonio propio, integrado por los fondos que le sean asignados anualmente en el presupuesto de la nación, o en leyes particulares. Otros ingresos se definen a partir de donaciones, herencias o legados que lo beneficien, así como de los propios ingresos que logren generar sus rentas.

Las academias que integran el Instituto de Chile tienen su sede en un edificio corporativo, de gran valor patrimonial, ubicado en Almirante Montt 454, comuna de Santiago, albergando dependencias de uso común a todas las academias. Estas poseen publicaciones u órganos oficiales independientes, como el Boletín de la Academia Chilena de la Historia, publicación periódica que aparece desde 1933, año de la creación de la citada academia, o el Boletín de la Academia Chilena de Medicina. Independientemente de la existencia de estos boletines, el Instituto publica los Anales del Instituto de Chile, edición fundada en 1981, cuyo comité editorial está integrado por un representante de cada academia.