El Musiquero mantuvo algunas secciones que fueron claves dentro de su formato. Entre estas, las más características fueron sus columnas de opinión y comentarios, algunas de ellas publicadas mensualmente y otras con una frecuencia quincenal. "Hablemos de" era la columna editorial de la publicación, donde los redactores vertían su opinión acerca de la situación de la música en Chile y su relación con la industria, el circuito internacional y el ambiente cultural, etc.

Otros segmentos de la revista estaban dedicados a la publicación de noticias relacionadas con la música de Chile y el mundo, comentarios sobre discos nuevos, etc. Algunas de estas secciones eran "Discomentarios"; "El disco en el mundo"; una sección de novedades de discos de 45 revoluciones por minuto editados por los sellos RCA, Bot y Demon; "Fono club", comentarios de "singles" y canciones de músicos actuales; "Discoprimicias", avances de discos, por Hernán Aravena; "Musiconoticias", pequeñas reseñas de noticias musicales del mundo; "El disco en provincias", espacio dedicado a las giras, conciertos, visitas y noticias de músicos y bandas en regiones a lo largo de Chile.

Otras secciones estaban dedicadas a la actualidad musical internacional -como "Aquí México" y "Desde Lima", por Guillermo Lerena- y local, como "Discomanía iquiqueña", "Al día con los discos" y "Aquí Valparaíso", columna dedicada a la música producida en la Quinta Región, de Jaime Atenas, entre otras.

Secciones como "Sin carátula", "Mucho gusto", "Así son tus favoritos", "Así soy yo", "Ruta de las estrellas", entre otras, estaban dedicadas a músicos nacionales e internacionales, sus historias, biografías, proyectos, comentarios, etc.

Algunas secciones que abordaban el folclor eran "Folklore para todos", "Rincón de la poesía popular", entre otras. Respecto del quehacer de la música escrita, en 1966 se incluyó una columna llamada "Opus 66". En esta sección escribieron compositores como Tomás Lefever y otros autores como Fritz Cranz. También hubo una sección llamada "Panorama del Jazz", escrita por Francisco M. Deza.

El Musiquero difundió, además, estrenos de teatro en "El teatro en el mundo" y películas, en la sección llamada "Cine cine". También difundía los bailes de moda, en una sección que enseñaba con imágenes ciertos ritmos de baile juvenil como el twist, surf, Jelly Belly, entre muchos otros.

Con el objetivo de difundir la música y facilitar a los lectores el acceso a reproducir por sus propios medios las canciones, tanto nacionales como internacionales, nacieron secciones como "Los Hits", "Canciones del Recuerdo", "La vida es una canción", "La guitarra por cifra", "Otra cosa es con guitarra", curso de guitarra por capítulos elaborado para las "necesidades de la gente joven que quiere 'acompañarse' sin muchas complicaciones en los ritmos y canciones de moda" (El Musiquero, número 1, abril 1964, p. 12) o "Lo mejor del mundo", partituras completas de canciones transcritas para "todo" público.

Hacia los años setenta comienzan a aparecer secciones nuevas que presentaban una mirada renovada, acorde con la juventud de la época. Algunas de ellas eran "Con audífono no cabe duda", "Foto Hits", de historietas fotográficas, "Al día con la Nueva Ola", "Rock Report", "Entre surcos y pantallas", sobre farándula televisiva, entre otras.