Nacido en Valparaíso en 1949, realizó sus primeros estudios de cine en la efímera Escuela de Viña del Mar. En 1969 obtuvo una beca para estudiar en Moscú, donde se graduó en el principal Instituto de Cine de la Unión Soviética (VGIK). Su plan era regresar a Chile a desarrollar su carrera, pero el golpe de Estado se lo impidió. Estimulado por esta realidad, su cinematografía versó mayoritariamente sobre la situación chilena. En 1977 realizó La noche sobre Chile que aborda los primeros días que se vivieron en el país después del golpe y sobre todo en el Estadio Nacional. Reproducida en mil quinientas copias (cifra bastante habitual para la URSS) y exhibida además por televisión en diversos países de Europa Oriental, se calcula que el film fue visto por más de ochenta millones de espectadores. "Soy uno de los directores chilenos más desconocidos, pero seguro que el más visto" dice Alarcón.

La década del ochenta, para Alarcón, resultó sumamente productiva. Retomó el tema del golpe con Santa Esperanza en 1980, que trata de un campo de prisioneros en el desierto. En 1982 filmó La caída del cóndor, sobre un dictador latinoamericano que es derrocado. La apuesta del comerciante solitario de 1984 es quizás su obra más reconocida por la crítica, en la que abordó la vida en Chile a fines de los setenta. En 1986 adaptó la novela La ciudad y los perros de Mario Vargas Llosa a la realidad chilena en la película Jaguar. Son todos films de gran presupuesto y vistos por decenas de millones de espectadores, principalmente en el mundo socialista. A fines de la década dio un giro hacia la comedia y el humor negro, con Historia de un equipo de billar de 1988, El cinéfilo de 1989 y Una actriz española para el ministro ruso de 1990. Estas son las obras que el público chileno pudo empezar a conocer a partir de 1990. Con el fin de la dictadura, Alarcón puso fin a su largo exilio, radicándose en Chile. Desde su regreso, ha realizado tres largometrajes en nuestro país, los cuales no han tenido mucha recepción por parte del espectador chileno. En 1991 Alarcón ingresó a la cartelera chilena con la comedia Los agentes de la KGB también se enamoran. En 1997 recreó el atentado del FPMR a Augusto Pinochet en el largometraje Cicatriz. Finalmente en 2002 estrenó su último largometraje conocido, El fotógrafo, en el cual conviven en la pantalla, mediante un original dispositivo, los años sesenta y los años noventa simultáneamente.