Alrededor de 1950, comenzaron a establecerse las primeras fronteras concretas entre las diferentes disciplinas científicas, dando paso a la formación de facultades específicas para cada una de las ramas de las ciencias.

En la Universidad de Chile en 1947, se creó el Instituto de Física, establecido como anticipo de una Facultad de Ciencias, la cual se conformó recién a mediados de la década del sesenta. En 1965, y luego de un debate respecto al rol de las ciencias y su instrucción en las universidades, se creó la Facultad de Ciencias con el propósito formar profesionales del área, y estimular el estudio y la investigación. En la Facultad de Química y Farmacia de la misma universidad, durante 1957 se consolidó la carrera de Bioquímica, paralela a la de Química y Farmacia. La creación de esta carrera constituyó un hito de gran importancia para el desarrollo de la investigación bioquímica en Chile, es más, fue la primera en crearse en el país y en Latinoamérica.

Entretanto, en el año 1955 en la sede de Santiago de la Universidad Técnica del Estado, se inauguró el Instituto de Física, dependiente de la Escuela de Ingenieros Industriales.

En la Universidad de Concepción, luego de la llegada del físico italiano Leopoldo Muzzioli en 1936, se dio un fuerte desarrollo a las ciencias exactas, sobre todo a fines de la década del cincuenta.

En la Universidad Técnica Federico Santa María un extranjero, Arnold Keller, que arribó en 1945, impulsó las ciencias exactas en esa casa de estudios.

Hacia fines de la década de 1960, en la Universidad Católica, las ciencias exactas estaban diseminadas en distintas facultades y escuelas, y no disponían de espacios para desarrollar sus propios objetivos. Durante el año 1969 se crearon en dicha universidad los Institutos de Matemáticas, Física y Química, sin embargo, no fue hasta la década de los ochenta cuando cada uno de estos institutos se trasformaron en facultades específicas.