El Colegio de Naturales fue creado por la Real Cédula del 11 de mayo de 1697, a objeto de disponer de un establecimiento para la educación de los hijos de los caciques de Arauco. Comenzó a funcionar el 23 de septiembre de 1700 bajo la tuición de la Compañía de Jesús, hasta su expulsión en 1767. En 1723, ante la amenaza de incursiones indígenas, fue trasladado a la capital del reino y en 1786 la institución regresó a Chillán, ahora bajo la conducción de la orden franciscana, que aprovechó para su habilitación el Colegio de Misioneros que existía en la ciudad. El Colegio de Naturales de Chillán funcionó hasta 1811, cuando el primer Congreso republicano resolvió eliminar la subvención proporcionada por el Estado.