Poco después de su fundación, se instaló en Castro un grupo de misioneros franciscanos con la tarea de predicar el evangelio entre los naturales de Chiloé. El entorno de la labor misional era una compleja configuración geográfica del territorio y el patrón disperso y móvil del modo de asentamiento indígena, que cambiaba de un lugar a otro según la disposición de recursos naturales. Tiempo después llegaron a la villa los misioneros jesuitas, que en lugar de limitarse a adoctrinar a los nativos que estaban próximos a sus dependencias, organizaron expediciones hasta recónditos lugares para llevar hasta allá la palabra de Dios.