El peculiar trabajo cinematográfico de Jodoroswky tiene el propósito manifiesto de transgredir lo establecido e impactar al público con imágenes crueles y absurdas, concebidas para gatillar insólitas experiencias espirituales. Heredero tardío del surrealismo, el cine de Jodorowsky se caracteriza por una acentuada atmósfera esotérica y por filiaciones estéticas con el género del western y la ciencia ficción.

Su primera película fue Fando y Lis, una adaptación de la obra homónima de Fernando Arrabal, protagonizada por Sergio Kleiner, Sergio Ramos "El Comanche", Valerie Costa y Juan José Arreola. La película se proyectó por primera vez en el Festival de Acapulco en México, del cual Jodorowsky tuvo que salir huyendo tras un intento de linchamiento en su contra. En 1970 filmó su segunda película: El Topo, un western psicotrópico que se convirtió en un objeto de culto. Gracias a este filme, el cine de Jodorowsky obtuvo un reconocimiento internacional que le permitió financiar y distribuir su siguiente película, La Montaña Sagrada. Posteriormente, Jodorowsky emprendió su ambicioso proyecto de adaptar al cine la novela Dune, de Frank S. Herbert, tarea que finalmente no llegó a concretar él, sino el realizador estadounidense David Lynch.

Tras un largo intervalo sin dirigir, Jodorowsky filmó en 1989 su cuarto largometraje denominado Santa Sangre, producida por Claudio Argento y protagonizada por sus hijos Cristóbal y Adán.