En el año 1892 Tomás Guevara Silva (1865-1935) se trasladó desde Curicó al territorio de la Araucanía o Ngülumapu (Gulumapu) donde fue contratado como profesor del Liceo de Angol y también como secretario de la Intendencia de Malleco. En ese lugar realizó sus primeras incursiones a las comunidades mapuche de la zona y conoció a jóvenes de ese pueblo con intereses intelectuales, con los que formó una relación de trabajo con posterioridad.

Allí se interiorizó sobre la forma en que se organizaron las misiones religiosas y la instrucción primaria luego del proceso de ocupación y colonización de la Araucanía. Tras un año viviendo en Angol fue parte del mismo proceso, ya que el gobierno central lo contrató para fundar la localidad de Marihuán que albergó a algunas reducciones indígenas, donde profundizó sus conocimientos sobre el pueblo mapuche.

Después de seis años de labor docente, política e intelectual, pudo recopilar un acervo de documentos y de relatos orales con los que retomó sus trabajos historiográficos. Así, en el año 1898 -y hasta 1902- comenzó a publicar en los Anales de la Universidad de Chile una serie de textos que llevaron el título de Historia de la civilización de Araucanía, con los que obtuvo un premio otorgado por la Facultad de Humanidades de la Universidad de Chile. Ese mismo año publicó el primer tomo en formato de libro y lo dedicó a Domingo Amunátegui Solar (1860-1946) y Rodolfo Lenz (1863-1938), a quienes reconoció como sus mentores e inspiradores.

En el prólogo, Tomás Guevara se explayó sobre la forma en que entendió la historiografía en ese momento y demarcó las diferencias metodológicas y de exposición histórica con respecto a la historiografía decimonónica, trabajo distinto al mostrado en Historia de Curicó (1890). Señaló en primera instancia que su obra era una "verdadera historia regional" dedicada a la "sección del país a que se halla vinculados sucesos de indisputable valor histórico: puede afirmarse que durante tres siglos la historia de Chile se ha desarrollado en este escenario" (Guevara, Tomás. Historia de la civilización de Araucanía. Tomo I. Santiago: Imprenta Cervantes, 1898, p. 5).

Para conformar esta obra, llevó a cabo un estudio centrado en las particularidades de la región y utilizó el concepto de civilización para dar cuenta de que su intención fue profundizar el análisis en los ámbitos socio-culturales de la historia del pueblo mapuche y su relación con españoles y chilenos. Al respecto, escribió que la utilización del concepto significó incluir "los diferentes elementos de cultura que comprende el sentido de aquel término, como las costumbres, el estado intelectual, la organización jurídica y eclesiástica, el comercio, la población, las artes, las industrias, emigraciones, cruces de razas e influencia del medio físico" y la "sociología araucana" (Guevara, p. 6-8).

Continuó con una crítica constructiva a la historia tradicional, ya que esta, al generalizar los procesos, terminó centrada en la vida política, las batallas, personajes y sus biografías, es decir, convertida en una historiografía oficial, estatal y nacional. Esto lo definió como la "manera antigua de concebir la historia" y citó a diferentes autores europeos como Friedrich von Helwald (1842-1892), Rafael Altamira (1866-1951), Karl Lamprecht (1856-1915) y Charles Seignobos (1854-1942), entre otros, a quienes puso como ejemplos de la corriente de la historia de las civilizaciones, para reafirmar de forma erudita su punto sobre la necesidad de hacer evolucionar la historiografía chilena.

Sobre los documentos, señaló que historiadores como Diego Barros Arana (1830-1907) o José Toribio Medina (1852-1930) alcanzaron un alto grado de conocimiento, revisión y análisis de los archivos nacionales, por lo que él los complementó con "los restos materiales, con la tradición escrita de los cronistas, los datos folclóricos, en cuanto se refieren principalmente a la supervivencia de costumbres, y el lenguaje de los vocabularios araucanos". Con esto acercó su metodología a la antropología y la etnología. Para el caso del periodo de la "prehistoria araucana", se apoyó en la arqueología y en sus "observaciones", junto a un corpus teórico que incluyó a autores como el arqueólogo orientalista Ernest Babelon (1854-1924), y los egiptólogos Gastón Maspero (1846-1916) y George Rawlison (1812-1902) (Guevara, p. 7-8).

El tomo I de la Historia de la civilización de Araucanía (1898) se compuso de un capítulo en que el autor se explayó sobre la geografía del territorio y la toponimia del mismo, junto con explicaciones sobre la flora y fauna. Prosigue con un capítulo sobre el origen de los mapuche y repaso de las principales teorías desde el tiempo de los cronistas españoles. Siguen los capítulos que abordaron temas como la "composición física de los araucanos", su lengua y los estudios de Lenz sobre la misma; su medio natural de desarrollo y organización político-social; los mitos y la religión mapuche; sus artes, industria y la tradición militar. Este tomo constituyó una etnografía del pueblo mapuche, más que un texto histórico.

El tomo II (1902) abordó el periodo que va desde la llegada de los españoles en el siglo XVI hasta la primera década del siglo XIX. Puso énfasis en las características sociales de la "Guerra de Arauco" y los intentos de conquista, basándose en La Araucana y las obras de los cronistas; dio importancia a la política de parlamentos durante los siglos XVII y XVIII y sus consecuencias, que permitieron la disminución del conflicto bélico y abrieron un periodo de intercambio cultural y económico entre mapuche y españoles. Finalmente, el tomo III (1903) presentó el periodo independentista y el desarrollo de la República hasta los últimos años de la ocupación y colonización de la Araucanía y los primeros años de las reducciones. En la advertencia de ese tomo Guevara explicó que los temas pendientes serían profundizados en otras dos obras: Enseñanza indígena y Organización judicial de los araucanos, que en definitiva constituyeron la obra única titulada Costumbres judiciales i enseñanza de los araucanos (1902).

Historia de la civilización de Araucanía fue citado en variadas ocasiones por autores contemporáneos a Guevara. Quien más utilizó la obra fue Valentín Letelier (1852-1919), con la finalidad de dar sustento histórico a su obra Génesis del Estado y de sus instituciones fundamentales (1917), sobre todo a su explicación sobre la evolución de las instituciones políticas en Chile desde el período prehispánico y colonial.

La obra de Guevara ha sido analizada como parte constituyente de las primeras corrientes antropológicas chilenas a fines del siglo XIX y principios del XX. Se ha resaltado la hipótesis central planteada por Guevara -sobre todo en el tomo III- y otros autores, de que el pueblo mapuche era una "cultura menor", una sociedad en decadencia y en proceso de asimilación por parte de la sociedad chilena luego de la ocupación, y, por tanto, destinada a desaparecer. En ese sentido, Guevara fue entendido como parte del grupo de los "rescatistas", es decir, intelectuales seguidores de las ideas evolucionistas que pensaron su trabajo como una misión de recopilación y rescate del pasado mapuche y otros pueblos indígenas desde una perspectiva enciclopédica, nacionalista, colonialista, racista y museográfica (Bengoa, José. "La trayectoria de la antropología en Chile". Revista Antropologías del Sur, Número 1, 2014, p.15-42).

Del mismo modo, Guevara pasó a ser parte del grupo de los "araucanistas", definidos como "aquellos intelectuales y hombres de letras que situaron su interés sobre la población indígena que habitaba en la denominada frontera entre el Bío-Bío y el Toltén. Hablar de araucanistas es relevar la experticia y autoridad que les fue reconocida en la época en que vivieron, y que les confería el estatus de especialistas en la vida presente y pasada de ese pueblo" (Mora, Héctor y Samaniego, Mario (editores). El pueblo mapuche en la pluma de los araucanistas. Santiago: Editorial Ocholibros, 2018). Estos "araucanistas" construyeron un discurso antropológico colonialista que presentó las diferencias entre los chilenos y los mapuches como sinónimo de la dicotomía civilización-barbarie y crearon estereotipos del mapuche que sirvieron como punto de inicio para el desarrollo de políticas estatales paternalistas en un contexto neocolonial (guerreros, luego flojos y borrachos, y también como una carga y responsabilidad social para el Estado chileno).