La institución del gobernador que operó en América como una forma de administrar las nuevas tierras incorporadas para la Corona española, se constituyó, después del Virrey, en la autoridad de mayor importancia desde la Conquista hasta el término del régimen colonial. Era pues, una pieza central en el conjunto de instituciones coloniales americanas. El gobernador tuvo jurisdicción ordinaria plena, lo que significaba alta y baja justicia, facultad protagónica dada la cultura jurídica en Chile colonial. También poseía mero y mixto imperio, lo que implicaba jurisdicción sobre todo tipo de delitos y causas civiles. Duraba por lo general entre tres y cinco años en el cargo y su principal labor fue la buena gobernación de la tierra, en nombre del rey. La lista de gobernadores chilenos es extensa. Pedro de Valdivia fue quien inauguró el primer Gobierno en la región, luego de cruzar desde el Perú en marzo de 1540 y fundar la ciudad de Santiago el 12 de febrero de 1541.

Tras la muerte de Valdivia en 1553, se produjo un conflicto entre los cabildos de Concepción, de Santiago y de La Serena para instalar al nuevo Gobernador. La disputa fue dirimida después que el Virrey del Perú, Andrés Hurtado de Mendoza nombrara a su hijo García Hurtado de Mendoza, gobernador de Chile en 1557. La labor de los primeros gobernadores se centró en la tarea de enfrentar la resistencia aborigen, sobre todo en el primer siglo de la Guerra de Arauco, que coincide con el período más agudo de la confrontación. Con este fin las políticas públicas tuvieron un carácter militar estratégico de fundación de ciudades y control espacial, asentando a los conquistadores por medio de la distribución de encomiendas y mercedes de tierra. Uno de los más importantes gobernadores de la época fue Alonso de Ribera, quien se vio enfrentado a las nuevas ideas de una guerra defensiva, inspirada por el padre Luis de Valdivia, destinada a un mejor trato con los nativos.

Durante el siglo XVIII, con la dinastía borbónica en el trono español, los nuevos gobernadores trajeron consigo el revolucionario ímpetu de la ilustración europea que impulsaba a establecer un buen gobierno bajo el imperio de la razón. Se les conoció como gobernadores ilustrados y se destacaron, sobre todo, por su interés en las obras públicas y por iniciar un proceso masivo de fundación de ciudades a lo largo del territorio nacional. Desde entonces la imagen ideal de gobernador se modernizó, pasando de una expectativa social de pureza de sangre y honor a una más centrada en la eficiencia. De este período data el gobierno más prolongado de la historia de Chile, el de Gabriel Cano de Aponte, quien fue gobernador 15 años, 10 meses y 25 días. Por su parte, José Antonio Manso de Velasco se destacó como fundador de varias ciudades en Chile. De los gobernantes ilustrados, sobresalió por sobre todos Ambrosio O'Higgins, marqués de Osorno, gobernador de Chile y Virrey del Perú, cuya tarea principal la dedicó a la realización de importantes obras públicas que heredamos hasta nuestros días. Entre ellas destacan el camino Santiago-Valparaíso, la construcción, desde 1792, de los Tajamares de Santiago a cargo del arquitecto Joaquín Toesca, la continuación de la Casa de Moneda, la restauración de la fachada de la Catedral de Santiago y la fundación de Illapel, Combarbalá, Vallenar, Santa Rosa de los Andes en 1791, San José de Maipo, Constitución, San Ambrosio de Linares y Santa Luisa de Parral.

La última etapa se caracterizó por las tensiones que generó el proceso de Independencia, en el que los distintos gobernadores jugaron un papel relevante, en tanto eran representantes directos del rey. La crisis comenzó a experimentarla Francisco Antonio García Carrasco, cuyos conflictos con los criollos le obligaron a dimitir en 1810 en nombre del gobernador interino Mateo de Toro y Zambrano, quien fue presionado para establecer y presidir la Primera Junta de Gobierno ese mismo año. Tras las batallas de Independencia y durante el proceso de Reconquista, sobrevinieron los últimos gobernadores, Mariano Osorio y Casimiro Marcó del Pont, quienes intentaron en vano reprimir el impulso independentista.