El 21 de julio de 1920, la sede de la Federación de Estudiantes de Chile fue destruida y asaltada por un grupo de manifestantes que acusaron de antipatriotas a los federados por no respaldar la movilización de tropas hacia los límites de Perú y Bolivia, posición que expresaba la postura pacifista de la asociación estudiantil en este periodo.

Este asalto fue uno de los eventos que se produjeron entre julio y septiembre de 1920 durante los que se persiguieron por manifestar su pensamiento político a varios estudiantes, intelectuales y obreros vinculados a la International Workers of the World (IWW), los llamados wobblies.

La persecución se llevó a cabo por intermedio de una causa judicial llamada "el proceso a los subversivos", liderada por el fiscal José Astorquiza y Líbano (1866-), quien "armado con informes de la Intendencia y la sección de seguridad, así como con copias del boletín mensual de los IWW y ejemplares del semanario Numen, (…) ordenó la detención de los wobblies conocidos de Santiago. Las redadas fueron planificadas para el domingo 25 de julio" (Craib, Raymond. Santiago subversivo 1920: anarquistas, universitarios y la muerte de José Domingo Gómez Rojas. Santiago: LOM Ediciones, 2017, p. 161).

Entre las personas que fueron detenidas y encarceladas, el caso del escritor, estudiante de Pedagogía y Leyes de la Universidad de Chile y miembro de la Federación, José Domingo Gómez Rojas, fue un hecho que tuvo repercusión en la prensa y en el ámbito de los estudiantes.

El mismo 25 de julio, tres agentes policiales allanaron la residencia del escritor y su madre, donde encontraron "una amplia gama de revistas vinculadas a luchas obreras", como Verba Roja (1918-1927), Numen (1918-1920), La Batalla y Germinal; libros sobre anarquismo, socialismo y teoría política; panfletos emitidos por el Comité de Apoyo a los Presos Políticos; y "copias ocasionales de bonos de 5 pesos emitidos por la IWW para reunir dinero para la construcción de un teatro", en síntesis, "encontraron palabras" (Craib, p. 164). Sin embargo, estos documentos que expresaban su pensamiento vinculado al anarquismo y su relación con la IWW bastaron para detenerlo.

A Gómez Rojas lo llevaron inicialmente a la Cárcel de Santiago, pero hacia mediados de agosto fue trasladado a la Penitenciaría de Santiago. En este periodo, los presos de esta institución tenían una alimentación insuficiente, existía violencia sexual entre quienes cumplían penas, había enfermedades infecciosas como el tifus y la tuberculosis y la enfermería era inadecuada para tratar a los reclusos (Craib, p. 209). A pesar de ello, Gómez Rojas tenía acceso al patio del recinto, podía fumar, recibir visitantes, leer y escribir, situación que cambió radicalmente cuando fue llevado nuevamente a la cárcel de Santiago hacia fines de agosto.

Las razones de este cambio de recinto no quedaron claras. La Federación lo atribuyó a que en una visita de Astorquiza a la Penitenciaría, Gómez Rojas se habría presentado con un cigarrillo en la boca, actitud que fue interpretada como insolente y por lo cual el "magistrado ordenó que le colocaran grillos al poeta" y se le llevara a la cárcel ("Domingo Gómez Rojas". Juventud. Año 2, número 10, 1920, p. 47). Para Craib, su traslado pudo haberse debido "al intercambio insolente con Astorquiza. O quizá haya sido resultado de la visita de Astorquiza a la penitenciaría, donde pudo observar a Gómez Rojas en el patio, fuera de su celda, fumando casualmente con sus manos en los bolsillos, una imagen de reposo y confort. Puede haberse debido a una variedad de cosas, precisamente porque, a pesar de las apariencias institucionales y legales, el proceso era una iniciativa ad hoc, guiada menos por procedimientos legales o antecedentes jurídicos que por capricho individual, ansiedades de clase y una voluntad colectiva de persecución" (Craib, p. 226-227).

En la Cárcel de Santiago, Gómez Rojas estuvo en una pequeña celda sucia cerca de otro prisionero que constantemente hacía ruidos que no le permitían mantener la tranquilidad y fue torturado por los guardias. Según un texto que había recibido Pedro León Ugalde (1892-1935), "informaba que Gómez Rojas no había comido en días, que había sido desnudado y engrillado de manos y pies, y había sido dejado en aislamiento" (Craib, p. 230). Sumado a estas condiciones, "a medida que pasaban las semanas, el poeta se lamentaba de no haber leído un libro en casi veinte días, ni haber escrito un solo verso" (Craib, p. 229).

Ante la preocupación por el estado de su hijo, la madre de Gómez Rojas firmó un documento en el que indicaba que "reconocía los buenos tratos dados a su hijo en la Cárcel, pues "se le aseguró que bastaría esa firma" para rescatarlo, sin embargo, esto no sucedió y el estudiante continuó detenido (Federación de Estudiantes de Chile. "Domingo Gómez Rojas". Juventud. Año II, número 10, 1921, p. 48-49).

También se hicieron otras gestiones para intentar liberarlo. Pedro León Ugalde (1892-1935), presidente del Centro de Estudiantes de Derecho, recibió una carta de otro reo en la que le indicaba el estado de Gómez Rojas. Ugalde presentó el documento a la prensa e intentó que un médico examinara al estudiante, sin éxito. También se tramitó la posibilidad de que fuera liberado bajo fianza, pero se le "negaron todas las posibilidades" y solo se le ofreció trasladarlo a la Casa de Orates para que "se lo tratara con mayor consideración" (Moraga Valle, Fabio y Vega Delgado, Carlos. "José Domingo Gómez Rojas". Gómez Rojas, José Domingo. José Domingo Gómez Rojas: vida y obras. Punta Arenas: Edit. Ateli, 1997, p. 49).

En la Casa de Orates, Gómez Rojas se enfermó de meningitis y falleció el 29 de septiembre a las 10:30 horas. Fue velado en la sede de la Federación de estudiantes al siguiente día, el 1 de octubre se realizaron sus funerales y sus restos fueron llevados al Cementerio General.

Ese día, hubo paro general de todas las organizaciones obreras de Santiago, se suspendió el servicio de tranvías y "las federaciones y centros obreros realizaron sesiones extraordinarias para protestar y acordar cómo asistirían al sepelio" (Moraga Valle y Vega Delgado, p. 51). Cincuenta mil personas se reunieron para despedir a Gómez Rojas y varios intelectuales, estudiantes y políticos pronunciaron discursos en su recuerdo y en denuncia de su caso.