Las intenciones y principios intelectuales que motivaron a José Toribio Medina a desarrollar su trabajo derecopilación bibliográfica y de fuentes históricas fue la reconstrucción de la historia de Chile e Hispanoamérica colonial, desde la llegada de los primeros españoles hasta el desarrollo de la Guerra de Independencia, para lo cual visitó archivos y bibliotecas tanto en América -principalmente Perú, Argentina y México- como en Europa, fundamentalmente en España. La estadía en esos lugares le permitió acceder a documentación inédita con la que complementó los estudios colonialistas que otros historiadores chilenos como Benjamín Vicuña Mackenna y Diego Barros Arana ya habían comenzado décadas atrás.

Su principal propósito fue, a través del análisis y publicación de documentos en diferentes formatos, constatar el desarrollo cultural de la sociedad chilena a través del proceso de mestizaje y del impacto de la influencia hispana. Su intensa labor le permitió ganarse el apodo de "príncipe de los americanistas", ya que su erudita intención inicial se amplió en la medida que sus hallazgos documentales le permitieron observar otras realidades coloniales fuera del ámbito chileno.

Sobre el proyecto de Medina, el historiador Rafael Sagredo ha señalado que "sus colecciones documentales y bibliografías […] ofrecen las más diversas manifestaciones del mundo colonial, así como las alternativas de las más heterogéneas existencias de los sujetos que con sus vidas le dieron forma. Son todas historias a la espera de investigadores y autores; dramas, comedias, aventuras, prácticas, usos, costumbres; todas expresiones del acontecer social, también de las creencias, maneras de pensar y actuar de un mundo que, como José Toribio Medina sostuvo, se expresaba con elocuencia en la contemporaneidad que le tocó vivir. De ahí la urgencia de conocerlas y comprenderlas" (Sagredo, Rafael, J. T. Medina y su Biblioteca Americana en el siglo XXI. Prácticas de un erudito, Santiago: Ediciones Biblioteca Nacional, 2018, p. 14).

Esto se vio reflejado sobre todo en la publicación de sus libros sobre la historia de la Inquisición en Chile, Perú, México y el Río de la Plata, además de sus recopilaciones sobre la historia de la imprenta en esos mismos lugares, incluidos de Cuba y Venezuela (Maury A. Bromsen, "Medina, el americanista", en José Toribio Medina, humanista de América, M. A. Bromsen (editor), Santiago: Editorial Andres Bello, 1969, p. 44).

En esa línea, la publicación de su Biblioteca Hispanoamericana (1493-1810) -conocida también como Biblioteca Americana- junto con la Biblioteca Hispano-Chilena (1523-1817) fueron colecciones y recopilaciones bibliográficas que consolidaron su proyecto intelectual.

Lo mismo sucedió con la Mapoteca de Chile y la Cartografía Hispano-Colonial de Chile, que, a pesar de estar centrada en este país, igualmente recopiló cartas, mapas y planos de todo el continente americano.

Otra de las labores que interesaron a Medina fue el estudio crítico de Alonso de Ercilla y de La Araucana, libro al que dedicó varias reediciones con estudios preliminares, incluyendo también la publicación artículos sobre el mismo, y entre ellos un breve texto titulado Las mujeres de la Araucana de Ercilla.

Por otra parte, su pensamiento hispanista se releva por la forma crítica en que se dedicó a la investigación sobre la influencia de la cultura española en la conformación de las sociedades coloniales hispanoamericanas y también por sus estudios sobre literatura española. El ejemplo más claro de esto fue la publicación de estudios sobre Miguel de Cervantes, entre ellos los textos titulados Cervantes americanista: lo que dijo de los hombres y cosas de América y Cervantes en las letras chilenas, entre otros.

Tanto los textos de Ercilla como los de Cervantes se enmarcan entre los trabajos de crítica literaria desarrollada por Medina durante toda su vida intelectual, otorgándole importancia a literatura en el desarrollo de la cultura americana, lo que unificó ambas corrientes intelectuales: el hispanismo y el americanismo.