En 1868, Benjamín Vicuña Mackenna (1831-1886) publicó Francisco Moyen o lo que fue la Inquisición en América, relato histórico en el que presentó una crítica al tribunal eclesiástico, a partir del proceso inquisitorial de Francisco Moyen, llevado a cabo por el tribunal del Santo Oficio de Lima a mediados del siglo XVIII. Este libro apareció como réplica a las ideas de los pensadores conservadores José Ramón Saavedra (1821-1907) y Zorobabel Rodríguez (1839-1901), que defendieron la Inquisición americana.

Benjamín Vicuña Mackenna ya había presentado un análisis previo de la Inquisición en América en un tono similar, en su discurso de incorporación a la Facultad de Humanidades de la Universidad de Chile de agosto de 1862, bajo el título "Lo que fue la Inquisición en Chile". En esta exposición histórica, criticó los intereses económicos de la Inquisición, a partir de dos acontecimientos acaecidos en el siglo XVII en el país. Para Vicuña Mackenna, la motivación real de los juicios en América fue la ganancia económica, ya que "su tarea se redujo solo a un inmenso latrocinio, en que la hoguera hacía el botín de las conciencias, solo para que el bolsillo de los inquisidores hiciera el de los despojos de los ajusticiados" ("Lo que fue la Inquisición en Chile". Anales de la Universidad de Chile. Tomo 21, 1862, p. 137).

Como respuesta a las ideas del discurso de Vicuña Mackenna, en 1867, el presbítero José Ramón Saavedra publicó La Inquisición: rápida ojeada sobre aquella antigua institución, en la que realizó su defensa, alegando que los relatos históricos escritos por autores anticatólicos no han mostrado la verdad sobre ella, sino que la han dibujado como "un monstruo sediento de sangre y matanza" (La inquisición: rápida ojeada sobre aquella antigua institución. Santiago: Imprenta del Correo, 1867, p. 11).

Sobre este libro, Zorobabel Rodríguez, en marzo de 1868, publicó un artículo en el periódico conservador La Estrella de Chile (1867-1879), en el cual elogió, por una parte, que Saavedra se levantara en defensa del tribunal del Santo Oficio, en oposición a otros "católicos candorosos" que guardaban silencio ante los "anatemas contra la Iglesia" y, por otra, porque presentó argumentos "en contra de los denigradores de la Inquisición" que, para Rodríguez, deben ser conocidos por todos los católicos, puesto que todos, más o menos, nos veremos en el caso de usarlos" ("La Inquisición, rápida ojeada sobre aquella antigua institución, por el prebendado José Ramón Saavedra". La Estrella de Chile. Santiago: Imp. Chilena. Año I, número 25, 1868, p. 290-291).

En este contexto de publicaciones, el caso de Francisco Moyen -músico, comerciante y pintor francés seguidor de las ideas de la Ilustración, acusado de herejía- fue utilizado por Vicuña Mackenna como ejemplo de un proceso inquisitorial que no contaba con las pruebas suficientes, excesivamente extenso y en el cual el reo fue víctima de lesiones físicas, así como de prohibiciones que vejaron su ánimo, tal como no permitirle tocar el violín mientras permaneció preso (Vicuña Mackenna, Benjamín. Francisco Moyen o lo que fue la Inquisición en Chile. Valparaíso: Imprenta del Mercurio, 1868).

En respuesta a este libro, Rodríguez y Saavedra reaccionaron oponiéndose al relato de Vicuña Mackenna. Por una parte, Rodríguez usó la tribuna de La Estrella de Chile para mostrar su apoyo al texto de Saavedra y comentar la investigación del historiador. A nivel formal, criticó elecciones estilísticas y gramaticales del relato histórico. En relación con el contenido de la obra, primeramente, Rodríguez evaluó de forma negativa que Vicuña Mackenna, así como otros liberales, no considerara competente a alguien que no siguiera el pensamiento liberal, como fue el caso de Saavedra, por lo que su visión del libro del presbítero sería sesgada. En segundo orden, cuestionó la calidad de la investigación en cuanto al uso de las fuentes y, finalmente, aludió a que el caso particular de Francisco Moyen no podía ser usado para dar cuenta de la obra general de la Inquisición.

Por otra parte, José Ramón Saavedra publicó Cartas sobre la Inquisición (1868), libro en el que reunió los artículos de Rodríguez y las cartas que intercambió con Vicuña Mackenna en el transcurso de la polémica, con el fin de continuar la discusión refutando las ideas del historiador.