En 1872, Zorobabel Rodríguez publicó Francisco Bilbao: su vida y sus doctrinas, libro en el que, tal como señala su título, realizó, por un lado, un recorrido histórico por los principales hitos de la biografía del autor y, por otro, abordó los fundamentos de su pensamiento. La obra se publicó primero como folletín en La Estrella de Chile (1867-1879), entre el 16 de junio y el 18 de agosto de 1872, y, luego, durante el mismo año, como libro, con un prólogo de Rómulo Mandiola (1848-1881).

Esta publicación apareció en respuesta a la iniciativa propiciada por sectores cercanos a los liberales y el artesanado metropolitano de traer a Chile los restos de Francisco Bilbao Barquín (1823- 1865) desde Buenos Aires y de erigir un monumento en su honor. Para el autor de Francisco Bilbao: su vida y sus doctrinas, esta propuesta no se justificaba pues, según su consideración, quienes presentaron la idea tenían una visión sobrevalorada de Bilbao como uno de los "más eminentes pensadores" del país (Rodríguez, Zorobabel. Francisco Bilbao: su vida i sus doctrinas. Imprenta de "El Independiente", 1872, p. 2).

Rodríguez planteó como el propósito de su obra "averiguar lo que haya de falso, de exagerado o de cierto en esos juicios" (p. 2). Para realizar esta tarea, postuló la imparcialidad de su análisis, actitud que entendía como "un compuesto de tolerancia y de justicia, de respeto a las personas que obran impulsadas por nobles móviles y de adhesión profunda a la verdad" (p. 8).

Según lo explicitó, Zorobabel Rodríguez tuvo como base principal de consulta la biografía incluida en la edición de las Obras completas de Francisco Bilbao (1866), escrita por Manuel Bilbao Barquín (1828-1895), hermano de Francisco. A pesar de utilizarla de manera referencial, cuestionó la veracidad de los datos y reprobó las opiniones del biógrafo por presentar un discurso mediado por la cercanía al personaje central de la obra y por el "odio" manifestado ante quienes lo atacaron o lo obstaculizaron (p. 11).

En la primera sección del libro dedicada a revisar la vida de Bilbao, Zorobabel Rodríguez, desde su punto de vista como católico conservador y economista liberal, se propuso resolver las razones que "movieron a Bilbao a abandonar las ideas religiosas, sociales y políticas en que había sido educado" y que lo llevaron a tener como fundamento el racionalismo. Como respuesta, atribuyó este cambio de pensamiento de Bilbao a su "libre examen" de la Biblia y a la "lectura de libros peligrosos", acusando, especialmente, la influencia de Jules Michelet (1798-1874), Edgar Quinet (1803-1875) y Felicité Robert de Lammenais (1782-1854) (p. 18).

En la segunda parte de su texto, Zorobabel Rodríguez analizó las ideas de Bilbao en relación con el racionalismo. Según su apreciación, para Bilbao "la religión católica es incompatible con el libre uso de la razón, con la soberanía del pueblo, con la democracia, con la república, con la libertad política, con el progreso de los pueblos". Para Rodríguez, no obstante, tal incompatibilidad no existía pues el católico, por libre voluntad, aceptaba la autoridad de la Iglesia, lo que no sería contradictorio con su capacidad de razonar, sino que, más bien, una prueba de esta. Además, evaluó que la idea de república no era incompatible con el catolicismo, pues este no se habría manifestado en contra de alguna forma particular de gobierno: "La verdad es que el gobierno político de las sociedades no ha sido materia de la revelación, ni de las enseñanzas del Salvador" (p. 131-156).

Cerca de la fecha de aparición de este libro, Eduardo de la Barra (1839-1900) publicó Bilbao ante la sacristía (1872), cuyo propósito era "restaurar la figura" del autor. De la Barra acusó que Rodríguez dirigió, de manera estratégica, elogios iniciales a Bilbao, para luego atacarlo: "La táctica de este pérfido ataque contra Bilbao consiste, en desfigurarlo, aparentando hacerle justicia" (Bilbao ante la sacristía. Imprenta del Ferrocarril, 1872, p. 11). Ante esto, rebatió punto por punto los aspectos abordados por Rodríguez, siguiendo la misma estructura del libro criticado: primero, el recorrido de la vida del autor y, posteriormente, el análisis de su pensamiento.

La polémica entre ambos autores continuó en la prensa, discusión en la que también intervinieron otros intelectuales con publicaciones sobre la figura de Bilbao, como Rómulo Mandiola con su libro Francisco Bilbao y sus panegiristas (1876) y el artículo "Francisco Bilbao" (1872) de Augusto Orrego Luco (1848-1930) en la Revista de Santiago (1872-1873) (Leyton, Carlos. "Dos polemistas de antaño". El Mercurio. Santiago de Chile: Talleres El Mercurio, 1939).